为什么我们必须在 Google Colab 中附加 Rdkit 的路径

Question

!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

在这段代码中，为什么我们必须在安装 rdkit 后附加路径？

即 sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

Answer 1

您可以使用此代码。在 Colab 中安装 rdkit 会快很多。

!curl -L bit.ly/rdkit-colab | tar xz -C /

Answer 2

启动 Python 解释器后，将创建导入时用于搜索模块的所有目录列表。您可以从变量 sys.path 访问它。如果你在 colab 中运行这个，你可以看到 Python 在哪里搜索模块。

import sys
sys.path

>>> ['',
'/env/python',
 '/usr/lib/python36.zip',
 '/usr/lib/python3.6',
 '/usr/lib/python3.6/lib-dynload',
 '/usr/local/lib/python3.6/dist-packages',
 '/usr/lib/python3/dist-packages',
 '/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/IPython/extensions',
 '/root/.ipython']

问题是 conda 会将软件包安装到 sys.path 中未包含的目录（'/usr/local/lib/python{pyversion}/site-packages/'），因此 Python 不会能够找到由 conda 安装的包。这很简单，只需将路径附加到 sys.path 即可解决。现在 Python 知道在哪里寻找包，在本例中是 RDKit。请注意，我们可以通过查看 rdkit 的安装位置来验证是否属于这种情况：

sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

import rdkit
rdkit.__file__

>>> /usr/local/lib/python3.7/site-packages/rdkit/__init__.py

另请注意，sys.path 中的目录搜索顺序是在首次找到模块时停止。所以通过conda安装colab已经提供的包时，colab版本优先

为什么我们必须在 Google Colab 中附加 Rdkit 的路径

Why do we have to append path for Rdkit in Google Colab

python

installation

google-colaboratory

rdkit