在 shinyAppDir(x) 中的 Docker 错误中部署 shinyapp

Question

我有以下码头文件

# Base image https://hub.docker.com/u/rocker/
FROM rocker/shiny:latest

# system libraries of general use
## install debian packages
RUN apt-get update -qq && apt-get -y --no-install-recommends install \
    libxml2-dev \
    libcairo2-dev \
    libsqlite3-dev \
    libmariadbd-dev \
    libpq-dev \
    libssh2-1-dev \
    unixodbc-dev \
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev \
    coinor-libcbc-dev coinor-libclp-dev libglpk-dev


## update system libraries
RUN apt-get update && \
    apt-get upgrade -y && \
    apt-get clean

# copy necessary files
## app folder
COPY ./app ./app

# Docker inheritance
FROM bioconductor/bioconductor_docker:RELEASE_3_12

RUN apt-get update
    RUN R -e 'BiocManager::install(ask = F)' && R -e 'BiocManager::install(c("rtracklayer", \
    "GenomicAlignments", "Biostrings", "SummarizedExperiment", "Rsamtools", ask = F))'


# install renv & restore packages
RUN Rscript -e 'install.packages("renv")'
RUN Rscript -e 'install.packages("devtools")'
RUN Rscript -e 'install.packages("shiny")'
RUN Rscript -e 'install.packages("shinyBS")'
RUN Rscript -e 'install.packages("ggvis")'
RUN Rscript -e 'install.packages("shinydashboardPlus")'
RUN Rscript -e 'install.packages("shinycssloaders")'
RUN Rscript -e 'install.packages("shinyWidgets")'
RUN Rscript -e 'install.packages("plotly")'
RUN Rscript -e 'install.packages("RSQLite")'
RUN Rscript -e 'install.packages("forecast", dependencies = TRUE)'
RUN Rscript -e 'install.packages("tsutils")'
RUN Rscript -e 'install.packages("readxl")'
RUN Rscript -e 'install.packages("tidyverse")'
RUN Rscript -e 'install.packages("knitr")'
RUN Rscript -e 'install.packages("knitcitations")'
RUN Rscript -e 'install.packages("nycflights13")'
RUN Rscript -e 'install.packages("Matrix")'
RUN Rscript -e 'install.packages("plotly")'
RUN Rscript -e 'install.packages("igraph")'
RUN Rscript -e 'install.packages("ggthemes")'
RUN Rscript -e 'install.packages("evaluate")'
RUN Rscript -e 'install.packages("psych")'
RUN Rscript -e 'install.packages("kableExtra")'
RUN Rscript -e 'install.packages("ggjoy")'
RUN Rscript -e 'install.packages("gtools")'
RUN Rscript -e 'install.packages("gridExtra")'
RUN Rscript -e 'install.packages("cowplot")'
RUN Rscript -e 'install.packages("ggrepel")'
RUN Rscript -e 'install.packages("data.table")'
RUN Rscript -e 'install.packages("stringr")'
RUN Rscript -e 'install.packages("rmarkdown")'

RUN Rscript -e 'install.packages("shinyjqui")'
#RUN Rscript -e 'install.packages("BiocManager")'
#RUN R -e 'BiocManager::install("rtracklayer")'
#RUN R -e 'BiocManager::install("GenomicAlignments")'
#RUN R -e 'BiocManager::install("Biostrings")'
#RUN R -e 'BiocManager::install("SummarizedExperiment")'
#RUN R -e 'BiocManager::install("Rsamtools")'
RUN Rscript -e 'install.packages("V8")'
RUN Rscript -e 'devtools::install_github("ThomasSiegmund/D3TableFilter")'
RUN Rscript -e 'devtools::install_github("leonawicz/apputils")'
RUN Rscript -e 'devtools::install_github("Marlin-Na/trewjb")'

RUN Rscript -e 'devtools::install_github("dirkschumacher/ompr")'
RUN Rscript -e 'devtools::install_github("dirkschumacher/ompr.roi")'

RUN Rscript -e 'install.packages("ROI.plugin.glpk")'

RUN Rscript -e 'install.packages("shinydashboard")'
RUN Rscript -e 'install.packages("dplyr")'
RUN Rscript -e 'install.packages("dashboardthemes")'
RUN Rscript -e 'install.packages("shinyjs")'
RUN Rscript -e 'install.packages("magrittr")'
RUN Rscript -e 'install.packages("DT")'
RUN Rscript -e 'install.packages("rhandsontable")'
RUN Rscript -e 'renv::consent(provided = TRUE)'
RUN Rscript -e 'renv::restore()'



# expose port
EXPOSE 3838

# run app on container start
CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/app', host = '0.0.0.0', port = 3838)"]

当我尝试在没有 Bioconductor 包的情况下上传应用时运行但是当我尝试以 dockfile 的形式上传时，我收到以下错误。

Bioconductor 版本 3.12 (BiocManager 1.30.10)，?BiocManager::install 寻求帮助 shiny::runApp('/app', host = '0.0.0.0', port = 3838) shinyAppDir(x) 错误：路径“/app”中不存在 Shiny 应用程序调用：... as.shiny.appobj -> as.shiny.appobj.character -> shinyAppDir 执行暂停

我访问了一些解决方案，但我不明白它们....请我需要你的帮助

Answer 1

查看 multistage builds 上的文档您有一个 COPY 语句，紧接着是一个 FROM 语句。在最后一条语句之后，您将无法再访问上一阶段中的任何内容。如果需要，您可以使用 --from=stagename 将文件从一个阶段复制到下一个阶段，其中您使用 FROM somerepo/someimage as stagename 命名阶段。在这种情况下，这意味着您在第一阶段所做的一切都不再使用或可用。通常使用类似

的东西

FROM baseimage as build
RUN install some dependencies
COPY some sourcefiles
RUN install stuff eg mvn install

FROM runImage as run
COPY --from=build somepath/executable
CMD ["do", "something"]

通过这种方式，您可以使最终图像保持较小，在构建时移除您需要的所有内容，但不会在运行时移除。在你的情况下，你必须重新考虑一下，看看你在哪个阶段需要什么。

我不知道你的应用程序的细节，但你现在设置它的方式是你从一个基本图像开始，然后安装 debian suff，然后是系统的东西，然后从一个“空”开始新的基础图像。您可能只想使用一张图像并从那里开始，只需一条 FROM 指令。然后，如果您想针对生产对其进行优化，您始终可以考虑多阶段构建（如果在您的情况下值得的话）。

在 shinyAppDir(x) 中的 Docker 错误中部署 shinyapp

Deploy shinyapp in Docker Error in shinyAppDir(x)

r

docker

shinyapps

bioconductor