如何清除 aws ec2 ubuntu s3 cli 上的总线错误(核心转储)

how to clear Bus error (core dumped) on aws ec2 ubuntu s3 cli

我正在使用 aws ec2 ubuntu 并且有 ssh 连接。

从 ssh 连接输入到 s3 的所有命令都会产生错误:

Bus error (core dumped)

最初,我试图从 mybucket 复制到服务器:

aws s3 cp s3://mybucket ./

但是结果是错误的。即使是 ls 命令也会产生错误。我不知道如何解决这个问题。

几天前,我使用这些 instructions 扩展了系统的 ebs 卷。

df -h 命令产生这个:

Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/root 31G 13G 19G 40% /
devtmpfs 16G 0 16G 0% /dev
tmpfs 16G 8.0K 16G 1% /dev/shm
tmpfs 3.2G 940K 3.2G 1% /run
tmpfs 5.0M 0 5.0M 0% /run/lock
tmpfs 16G 0 16G 0% /sys/fs/cgroup
/dev/loop0 33M 33M 0 100% /snap/amazon-ssm-agent/2996
/dev/loop2 98M 98M 0 100% /snap/core/10577
/dev/loop3 98M 98M 0 100% /snap/core/10583
/dev/loop1 34M 34M 0 100% /snap/amazon-ssm-agent/3552
/dev/loop4 56M 56M 0 100% /snap/core18/1885
/dev/loop6 56M 56M 0 100% /snap/core18/1944
/dev/loop7 68M 68M 0 100% /snap/lxd/18150
tmpfs 3.2G 0 3.2G 0% /run/user/1000
tmpfs 10M 10M 0 100% /tmp
/dev/loop8 70M 70M 0 100% /snap/lxd/19032

和 lsblk 命令产生这个:

NAME    MAJ:MIN RM  SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
loop0     7:0    0 32.3M  1 loop /snap/amazon-ssm-agent/2996
loop1     7:1    0 33.3M  1 loop /snap/amazon-ssm-agent/3552
loop2     7:2    0 97.9M  1 loop /snap/core/10577
loop3     7:3    0 97.9M  1 loop /snap/core/10583
loop4     7:4    0 55.3M  1 loop /snap/core18/1885
loop6     7:6    0 55.4M  1 loop /snap/core18/1944
loop7     7:7    0 67.8M  1 loop /snap/lxd/18150
loop8     7:8    0 69.8M  1 loop /snap/lxd/19032
xvda    202:0    0   32G  0 disk
└─xvda1 202:1    0   32G  0 part /

今天,工作照常进行,直到我输入命令:

grep -vf MergedSamplesEdited.vcf ../resources/plink.GRCh37.autosome.map

系统Killed进程。 然后我可以执行更多的 grep / awk 命令,包括我应该执行的命令而不是上面的 grep 行:

gawk -F$'\t' 'FNR == NR {a[]; next;} {if ( in a) {print [=16=] } }' oldfile.ibd ../resources/plink.GRCh37.autosome.map > newfile.ibd

需要从 s3 存储桶中复制文件,我尝试了上面的 aws s3 命​​令,但出现总线错误。

我搜索了一个解决方案并找到了关于总线错误的响应,但这些响应似乎非常具体并且不适用于我的情况。例如,Git add . Gives me Bus error (core dumped).

非常感谢您的帮助。

同样的问题和同样的设置 - 服务器重启为我解决了。

$ sudo reboot