Snakemake 和 sbatch

Question

我有一个 Snakefile，它有一个发送 7 个不同 shell 命令的规则。我想运行 sbatch 中的每个 shell 命令，我希望它们在不同的 slurm 节点中运行。现在，当我在 Snakemake 规则的 shell 命令中包含 sbatch 时，我没有得到所需的输出文件，因为运行需要一段时间，而 sbatch returns命令还是运行ning。我认为 Snakemake 认为我没有所需的输出文件，因为它认为命令在提交的作业完成之前“完成执行”。

如何使用 Snakemake 文件中的 sbatch 命令在一个 slurm 节点中提交每个规则

Answer 1

我怀疑你在做什么：

rule one:
    input:
        ...
    output:
        ...
    shell:
        """
        sbatch [sbatch-options] "some-command-or-script"
        """

你想要的可能是：

rule one:
    input:
        ...
    output:
        ...
    shell:
        """
        some-command-or-script
        """

执行为

snakemake --cluster "sbatch [sbatch-options]"

通过这种方式，每个规则都会将其作业发送到集群，而 snakemake 会处理它们。如果您希望规则在本地（而不是通过 sbatch）执行其作业，请使用指令 localrule 标记该规则（查看文档以获取更多详细信息）

Snakemake 和 sbatch

Snakemake and sbatch

slurm

sbatch

snakemake