officer-package 是否接受 ggsurvplot-object？

Question

我正在尝试使用 officer-package 将 ggsurvplot-object 导出到 powerpoint，但没有成功。我能够找到很多关于如何为此使用现在已经过时的 ReporterS-package 的说明，并提到了 officer 也应该工作。文档中似乎没有提到这一点。那么这应该有效吗？是否可以使用这些工具将矢量化生存图转换为 pptx 幻灯片？

totsur <- ggsurvplot(yhd1,
           data = sappivertailu,
           combine=TRUE,
           xlab = "Time, months", 
           ylab="Survival", 
           title="Overall survival",
           lwd=2,
           palette="jco",
           xscale = "d_m",
           xlim = c(0,730.5),
           break.x.by = 91.3,
           risk.table = TRUE,
           pval = TRUE,
           fontsize = 3)
totsur
my_vec_graph <- dml(code = totsur)

doc <- read_pptx()
doc <- add_slide(doc, layout = "Overall survival", master = "Office Theme")
doc <- ph_with(doc, my_vec_graph, location = ph_location_fullsize() )
print(doc, target = "Sappitutkimus/Charts/survi1.pptx")

更改dml(ggobj = totsur) 都不起作用。我做错了什么？

编辑：感谢下面的所有评论！和另一个更新。数据没有任何问题。经过一些调试，我的原始数据产生了预期的结果。

还有一个问题。软件包似乎无法在同一张幻灯片中添加风险 table 和生存曲线。是的，您可以通过在单独的幻灯片上制作两个单独的图来传递它，但我认为这不是一个好习惯。

如果我没有完全弄错的话，officer 和 ReporteRs 有一些共同的代码，并且那里也存在这个问题。 https://github.com/kassambara/survminer/issues/314

有人知道解决这个问题的方法吗？这是我目前正在使用的更紧凑的块。否则这很好用。

yhd1 <- survfit(Surv(sappivertailu$Survi, sappivertailu$Kuolema) ~ Arm, data=koe)

totsur <- 
  ggsurvplot(yhd1,
           combine = TRUE,
           data = sappivertailu,
      #     risk.table = TRUE,
           pval = TRUE,
           fontsize = 3
           )
totsur
my_vec_graph <- rvg::dml(ggobj = last_plot())

doc <- read_pptx()
doc <- add_slide(doc, layout = "Title and Content", master = "Office Theme")
doc <- ph_with(doc, my_vec_graph, location = ph_location_fullsize() )
print(doc, target = "Sappitutkimus/Charts/survi1.pptx")

编辑 n:o 2：以及有关所需结果的提示。

Answer 1

当然可以导出 ggsurvplots。通过 officer 到 pptx。您的代码有两个问题。首先你必须使用 rvg::dml(ggobj = ...) 。其次设置 layout = "Overall survival"。但是 officer 附带的默认 pptx 中没有具有此名称的布局，即您只能使用 pptx 模板中存在的布局。解决这两个问题并使用 ggsurvplot:

文档中的基本示例

require("survival")
#> Loading required package: survival
library(survminer)
#> Loading required package: ggplot2
#> Loading required package: ggpubr
library(officer)

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

# Basic survival curves
ggsurvplot(fit, data = lung)


my_vec_graph <- rvg::dml(ggobj = last_plot())

doc <- read_pptx()
doc <- add_slide(doc, layout = "Title and Content", master = "Office Theme")
doc <- ph_with(doc, my_vec_graph, location = ph_location_fullsize() )
print(doc, target = "survi2.pptx")

EDIT 如果你想在同一张幻灯片上有多个内容，你可以将布局更改为 Two Content 并使用 ph_location_left/right:

doc <- read_pptx()
doc <- add_slide(doc, layout = "Two Content", master = "Office Theme")
doc <- ph_with(doc, my_vec_graph, location = ph_location_left() )
doc <- ph_with(doc, my_vec_graph, location = ph_location_right() )
print(doc, target = "survi2.pptx")

Answer 2

令我惊讶的是，如果您将求生图嵌入到 print() 语句中，则可以在 dml() 中使用 code = 参数。请务必包含 newpage = FALSE:

require("survival")
# Loading required package: survival
library(survminer)
#> Loading required package: ggplot2
#> Loading required package: ggpubr
library(officer)

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

# Basic survival curves
p = ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = TRUE)
    
my_vec_graph <- rvg::dml(code = print(p, newpage = FALSE))

doc <- read_pptx()
doc <- add_slide(doc, layout = "Title and Content", master = "Office Theme")
doc <- ph_with(doc, my_vec_graph, location = ph_location_fullsize() )
print(doc, target = "survi2.pptx")

officer-package 是否接受 ggsurvplot-object？

Does officer-package accept ggsurvplot-object?

r

survival

officer

rvg