C++ 数组到 HDF5

Question

我需要将来自两个 float32 数组的数据存储在一个 .h5 文件中。这两个数组的大小都是 76800 (240x320)，每个都代表一个图像。我很乐意将这两个数组按原样存储在 .h5 文件中，但由于我是 C++ 的初学者，所以我不知道如何执行此操作。

我查看了 here，但对于我的情况似乎没有必要转换为多数组。尽管这看起来是一个非常简单的问题，但我找不到一个简单的代码示例。

到目前为止，这是我的代码：

H5::H5File file("/home/m/Desktop/tryout/file.h5", H5F_ACC_TRUNC);

// Vector X
hsize_t dims_pol[1] = {f->flow_x.size()};
H5::DataSpace dataspace_x(1, dims_pol);
H5::IntType datatype_x(H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
H5::DataSet dataset_x(file.createDataSet("p", datatype_x, dataspace_x));
dataset_x.write(f->flow_x.data(), H5::PredType::NATIVE_UINT8);
dataset_x.close();

但是，这只会将一个矢量写入文件，此外，我无法在 python（使用 pandas）中打开文件。不过它可以与 h5dump 一起使用。

感谢您的帮助

Answer 1

解决您的问题的一种方法是在 C++ 中使用 HDFql，如下所示：

// declare variables 'arr1' and 'arr2'
float arr1[240][320];
float arr2[240][320];

// populate variable 'arr1' with values

// populate variable 'arr2' with values

// register variable 'arr1' for subsequent usage (by HDFql)
HDFql::variableTransientRegister(&arr1);

// create dataset 'dset1' of data type float (size 240x320) populated with values from 'arr1'
HDFql::execute("create dataset dset1 as float(240, 320) values from memory 0");

// register variable 'arr2' for subsequent usage (by HDFql)
HDFql::variableTransientRegister(&arr2);

// create dataset 'dset2' of data type float (size 240x320) populated with values from 'arr2'
HDFql::execute("create dataset dset2 as float(240, 320) values from memory 0");

可以在 HDFql 中找到更多信息 reference manual。

Answer 2

我想我找到了解决方案，虽然我不是很满意，因为 pandas (python) 无法打开它，我必须使用 h5py。

但是，这是我的代码。如果您发现任何改进，请告诉我。

#include "H5Cpp.h"

H5::H5File file("/home/m/Desktop/tryout/file.h5", H5F_ACC_TRUNC);

// Vector X
hsize_t dims_pol[1] = {f->flow_x.size()};
H5::DataSpace dataspace_x(1, dims_pol);
H5::IntType datatype_x(H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
H5::DataSet dataset_x(file.createDataSet("x", datatype_x, dataspace_x));
dataset_x.write(f->flow_x.data(), H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
dataset_x.close();

// Vector Y
H5::DataSpace dataspace_y(1, dims_pol);
H5::IntType datatype_y(H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
H5::DataSet dataset_y(file.createDataSet("y", datatype_y, dataspace_y));
dataset_y.write(f->flow_y.data(), H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
dataset_y.close();

C++ 数组到 HDF5

C++ Array to HDF5

c++

hdf5