按值子集 R 中的距离矩阵

Question

我有一个非常大的距离矩阵 (3678 x 3678) 当前编码为数据帧。列命名为“1”、“2”、“3”等，行也是如此。因此，我需要做的是找到 <26 且不同于 0 的值，并将结果放在具有两列的第二个数据框中：第一个具有索引，第二个具有值。例如：

            value
318-516   22.70601
...

其中 318 是行索引，516 是列索引。

Answer 1

好的，我正在尝试重现您的情况（注意：如果可以的话，使用 dput 命令包含几行数据总是有帮助的）。

您应该能够使用 filter 和一些简单的 tidyverse 命令（如果您不知道它们是如何工作的，运行一行一行地使用它们，始终选择 %>% 检查他们在做什么):

library(tidyverse)
library(tidylog) # gives you additional output on what each command does
# Creating some data that looks similar
data <- matrix(rnorm(25,mean = 26),ncol=5)
data <- as_tibble(data)
data <- setNames(data,c(1:5))

data %>% 
  mutate(row = row_number()) %>% 
  pivot_longer(-row, names_to = "column",values_to = "values", names_prefix = "V") %>% 
  # depending on how your column names look like, you might need to use a separate() command first
  filter(values > 0 & values < 26) %>% 
  
  # if you want you can create an index column as well
  mutate(index = paste0(row,"-",column)) %>% 
  
  # then you can get rid of the row and column
  select(-row,-column) %>% 
  # move index to the front
  relocate(index)

按值子集 R 中的距离矩阵

Subset a distance matrix in R by values

r

symmetric

distance

subset

dataframe