Python、PyDot 和 DecisionTree

Question

我正在尝试可视化我的 DecisionTree，但出现错误代码是：

X = [i[1:] for i in dataset]#attribute
y = [i[0] for i in dataset]
clf = tree.DecisionTreeClassifier()

dot_data = StringIO()
tree.export_graphviz(clf.fit(train_X, train_y), out_file=dot_data)
graph = pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())
graph.write_pdf("tree.pdf")

错误是

Traceback (most recent call last):
if data.startswith(codecs.BOM_UTF8):
TypeError: startswith first arg must be str or a tuple of str, not bytes

谁能给我解释一下这是怎么回事？非常感谢！

Answer 1

有问题的行正在检查 stream/file 是否编码为 UTF-8

而不是：

if data.startswith(codecs.BOM_UTF8):

使用：

if codecs.BOM_UTF8 in data:

您可能会取得更大的成功...

Answer 2

我遇到了同样的问题，只是花了几个小时试图解决这个问题。我不能保证我在这里分享的内容对其他人有用，但可能值得一试。

我尝试安装官方 pydot 软件包，但我有 Python 3，但它们根本不起作用。在我搜索过的众多网站之一的线程中找到一条注释后，我最终安装了 this forked repository of pydot。
我去了 graphviz.org 并在我的 Windows 7 机器上安装了他们的软件。如果您没有 Windows，请查看适用于您系统的下载部分。
安装成功后，在环境变量中（Control Panel\All Control Panel Items\System\Advanced system settings>点击Environment Variables按钮>在System variables下我找到了变量path>点击Edit...>我在 Variable value: 字段的末尾添加了 ;C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin。
为了确认我现在可以在命令行（Windows 命令处理器）中使用 dot 命令，我输入 dot -V 返回 dot - graphviz version 2.38.0 (20140413.2041)。

在下面的代码中，请记住我正在从剪贴板中读取 dataframe。您可能正在从文件或其他内容中读取它。

在IPython笔记本中:

import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn import tree
import pydot
from IPython.display import Image
from sklearn.externals.six import StringIO

df = pd.read_clipboard()
X = df[df.columns[:-1]]
y = df[df.columns[-1]]

dtr = tree.DecisionTreeRegressor(max_depth=3)
dtr.fit(X, y)

dot_data = StringIO()  
tree.export_graphviz(dtr, out_file=dot_data, feature_names=X.columns)  
graph = pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())  
Image(graph.create_png())

或者，如果您不使用 IPython，只要您安装了 graphviz（上面的第 2 步），就可以从命令行生成您自己的图像。使用我上面相同的示例代码，你在拟合模型后使用这一行：

tree.export_graphviz(dtr.tree_, out_file='treepic.dot', feature_names=X.columns)

然后打开 treepic.dot 文件所在的命令提示符并输入此命令行：

dot -T png treepic.dot -o treepic.png

应使用您的决策树创建一个 .png 文件。

Answer 3

如果使用 Python 3，只需使用 pydotplus 而不是 pydot。也会有pip的软安装过程。

import pydotplus

<your code>

dot_data = StringIO()
tree.export_graphviz(clf, out_file=dot_data)
graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())
graph.write_pdf("iris.pdf")

Python、PyDot 和 DecisionTree

Python, PyDot and DecisionTree

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