从并行 foreach 循环中获取多个值

Question

我已经尝试搜索但没有找到任何让我一路走来的东西。

我是运行三个栅格堆栈上的占用率预测模型。由于需要进行大量处理，我正在使用并行 foreach 循环。

我需要从循环的结果中检索三个变量：test、na 和 pred。我需要这三个值来填充新的栅格值并保持相同的范围。除非有人知道在处理过程中填补由 NA 值造成的空白的方法？

下面是我根据找到的帖子尝试使用的代码。我也试过嵌套 foreach 循环，但我不确定我是否理解这些循环是如何工作的，或者这是否能达到我的目的。

library(parallel)
library(doSNOW)

multiResultClass<- function(test = NULL, tmp = NULL, na = NULL, pred = NULL){
  results<- list(
    test = test,
    tmp = tmp,
    na = na,
    pred = pred
  )
  class(results)<- append(class(results), "multiResultClass")
  return(results)
}

nc<- detectCores()-1
cl<- makeCluster(nc)
registerDoSNOW(cl)

predicts<- foreach (i = 1:nrow(pm), .multicombine = T, .maxcombine = 1000,
         .packages = c("unmarked", "raster"), .verbose = T)%dopar%{
           
            results<- multiResultClass()
           
           test<- cellFromRow(pm, i)
           tmp<- data.frame(pm[test])
           na<- any(is.na(tmp[i, ]))
           
           if(length(which(na) != nrow(tmp))){
             pred<- predict(fmBest, "state", tmp)
           }
           results$test<- test
           results$tmp<- tmp
           results$na<- na
           results$pred<- pred
           return(results)
         }

foreach(i = 1:nrow(pm))%do%{
  
test<- predicts[[i]]$test
na<- predicts[[i]]$na
pred<- predicts[[i]]$pred
}

stopCluster(cl)

我有一个有效的 foreach 循环，可以获取 pred 值，但没有测试和 na，我还没有找到正确填充数据需要进入的栅格模板的方法。该 foreach 循环如下：

library(parallel)
library(doSNOW)


ns<- detectCores()-1
cl<- makeCluster(ns);cl
registerDoSNOW(cl)

predictions<- 
  foreach (i = 1:nrow(pm), .multicombine = T, .maxcombine = 5000,
           .packages = c("unmarked", "raster"), .verbose = T)%dopar%{
   
                 test<- cellFromRow(pm, i)
                 tmp<- data.frame(pm[test])
                 na<- any(is.na(tmp[i, ]))
                 
                 if(length(which(na) != nrow(tmp))){
                 predict(fmBest, "state", tmp)
}

}

stopCluster(cl)

Answer 1

我终于找到了一个可以工作的组合函数。下面是我在一个大列表中使用 returns test、na 和 pred 值的代码。

library(doSNOW)

nc<- detectCores()-1
cl<- makeCluster(nc);cl
registerDoSNOW(cl)

comb<- function(...){
  mapply('rbind', ..., SIMPLIFY = F)
}

predictions<- foreach(i = 1:nrow(pm), .combine = 'comb', .multicombine = T,
          .maxcombine = 200, .packages = c("unmarked", "raster"), .verbose = T,
          .inorder = F)%dopar%{ 
            
        #get cell number values from raster stack
            test<- cellFromRow(pm, i)
            
            # make into a data.frame for prediction
            tmp<- data.frame(pm[test])
            
            # test which are na
            na<- any(is.na(tmp[i, ]))
            
            # avoid NA values entering the predict function
            if(length(which(na)) != nrow(tmp)){

              #   # Predict the new data
              pred<- predict(fmBest, "state", tmp)
              
            }

            list(test, na, pred)  
            
           }
stopCluster(cl)

从并行 foreach 循环中获取多个值

Get multiple values out of parallel foreach loop

r

parallel-processing

parallel-foreach