R：保存多个 igraph 图

Question

我有一个函数可以使用 igraph 包创建多个网络图并将网络存储在列表中（g.list 是最终输出）。

该函数如下所示 - 并使用数据帧列表（节点和边）来创建网络。

 network.fun <- function(nodes, edges){

  g <- graph_from_data_frame(d = edges, vertices = nodes, directed = FALSE)

  V(g)$color <- ifelse(V(g)$Treatment == "Water", ff.1[3], ff.1[4])

  w1 <- rescale(E(g)$weight, to = c(0,10))

  m1 <- layout_nicely(g) 

  plot(g, vertex.label.color = "black",
                   edge.color = 'dark grey', edge.width = w1, 
                   layout = m1, vertex.size = 24, vertex.label.font=2, 
                   vertex.label.dist=2.3, vertex.label.degree=4.3)


  return(g)


}

g.list <- map(out.list, ~ network.fun(nodes = .x$nodes, edges = .x$edges))

我想知道是否可以在创建每个绘图时将其保存为 png 文件。我创建了 108 个图，因此也希望根据用于创建它们的 nodes/edges 数据框名称来命名这些图。

Answer 1

看起来你不能将 igraph 保存到一个对象，但你可以通过将它包装在 ggsave() 中直接保存绘图，如下所示：

 ggsave(paste0(plotName, ".png),
        plot(g, vertex.label.color = "black",
                       edge.color = 'dark grey', edge.width = w1, 
                       layout = m1, vertex.size = 24, vertex.label.font=2, 
                       vertex.label.dist=2.3, vertex.label.degree=4.3),
        height = 5, width = 5, dpi = 1000)

您可以向您的函数添加一个 plotName 参数并使用字符串定义它（例如 plotName = "plot_1"）：如果您映射到 out.list，您可以使用名称out.list 个像这样：

map2(out.list, names(out.list), ~ network.fun(plotName = .y, nodes = .x$nodes, edges = .x$edges))

R：保存多个 igraph 图

R: Save multiple igraph plots

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igraph

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