模块 'pymc3' 没有属性 'traceplot' 错误

Question

我正在尝试生成我的模型的跟踪图，但它显示 module 'pymc3' has no attribute 'traceplot' 错误。我的代码是：

with pm.Model() as our_first_model:
    # a priori
    theta = pm.Beta('theta', alpha=1, beta=1)
    # likelihood
    y = pm.Bernoulli('y', p=theta, observed=data)
    #y = pm.Binomial('theta',n=n_experimentos, p=theta, observed=sum(datos))
    start = pm.find_MAP()
    step = pm.Metropolis()
    trace = pm.sample(1000, step=step, start=start)
    burnin = 0  # no burnin
    chain = trace[burnin:]
    pm.traceplot(chain, lines={'theta':theta_real});

然后出现以下错误：

AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-8-40f97a342e0f> in <module>
      1 burnin = 0  # no burnin
      2 chain = trace[burnin:]
----> 3 pm.traceplot(chain, lines={'theta':theta_real});
AttributeError: module 'pymc3' has no attribute 'traceplot'

我在 windows10 并且我已经用 pip 下载了 pymc3，因为它没有包含在我下载的 anaconda 中。

Answer 1

由于 several versions ago，PyMC3 将绘图和统计委托给 ArviZ，并且为了方便和易于转换，原始绘图命令作为 ArviZ 方法的别名保留。

最新的 PyMC3 版本 (3.11.0) 是第一个不包含 pm.traceplot 等别名的版本。您必须使用与 PyMC3 对象一起使用的 arviz.plot_trace。

与问题本身无关的额外注释：

您正在使用 pm.find_MAP 来初始化链，并且您正在手动将采样器设置为 pm.Metropolis 而不是允许 pm.sample 到 select 它自己的默认值。这样做是有原因的，本质上并没有错，但不鼓励这样做，请参阅 PyMC3 FAQs。
PyMC3 正在过渡到使用 InferenceData 作为 pm.sample 的默认输出。我建议在 pm.sample 中设置 return_inferencedata=True，原因如下：1) ArviZ 函数在后台转换为这种格式，您将避免这种小开销，2) InferenceData 比 MultiTrace 具有更多功能，3) PyMC3 正在过渡到 InferenceData 作为 pm.sample 的默认输出，那么为什么不开始呢？
您有一个 # no burn-in 评论，但是，pm.sample 返回的跟踪已经执行了长度为传递给它的 tune 参数的老化。 tune的默认值是1000。要真正得到所有样本，看看MCMC是如何慢慢收敛到典型集的，需要使用discard_tuned_samples=False.

一些推理数据资源：

推理数据概述：https://arviz-devs.github.io/arviz/getting_started/XarrayforArviZ.html
使用 InferenceData 示例（展示如何执行老化等）：https://arviz-devs.github.io/arviz/getting_started/WorkingWithInferenceData.html

模块 'pymc3' 没有属性 'traceplot' 错误

module 'pymc3' has no attribute 'traceplot' Error

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