并行比较两个参数并发送到命令

Question

我正在尝试运行 recon-all 命令与 GNU 并行。它应该在 {1} 处采用一个参数，如下所示：

parallel --progress subj_id='echo {1} | cut -d / -f 3' && recon-all -s $subj_id -i {1} -sd /output ::: ${paths[@]}

在流向 recon-all 之前，subj_id 应该从 $paths 中提取出来，因为 subj_one bash 数组 $paths 等于：

/input/subj_one/export/PAT1/2/2_MR/IM0101 /input/subj_two/export/PAT1/2/2_MR/IM0101 /input/subj_tree/export/PAT1/2/2_MR/IM0101 /input/subj_four/export/PAT1/2/2_MR/IM0101

现在看来我有错误，因为命令只是悬而未决。

因此并行命令应该如下所示：

parallel --progress recon-all -s subj_one -i /input/subj_one/export/PAT1/2/2_MR/IM0101 -sd /output ::: ${paths[@]}

Answer 1

你的命令是：

parallel --progress subj_id='echo {1} | cut -d / -f 3' &&
  recon-all -s $subj_id -i {1} -sd /output ::: ${paths[@]}

这显然不是你的意思。你的意思可能是：

parallel --progress "subj_id=$(echo {1} | cut -d / -f 3) && recon-all -s $subj_id -i {1} -sd /output" ::: ${paths[@]}

但是引用很烦人，所以改为定义一个函数并使用它：

doit() {
  subj_id=$(echo "" | cut -d / -f 3)
  recon-all -s $subj_id -i "" -sd /output
}
export -f doit
parallel doit ::: ${paths[@]}

另请参阅--plus。它可能只是定义了一个替换字符串，您可以直接使用它而不是使用 cut.

并行比较两个参数并发送到命令

parallel compare two arguments and send to command

bash

gnu

gnu-parallel