包含 gamm 函数相关结构的错误

Question

我正在尝试创建自己的函数，其中包含 1.) mgcv gamm 函数和 2.) 嵌套自相关 (ARMA) 参数。当我尝试运行这样的函数时出现错误：

df <- AirPassengers
df <- as.data.frame(df)
df$month <- rep(1:12)
df$yr <- rep(1949:1960,each=12)
df$datediff <- 1:nrow(df)

try_fxn1 <- function(dfz, colz){gamm(dfz[[colz]] ~ s(month, bs="cc",k=12)+s(datediff,bs="ts",k=20), data=dfz,correlation = corARMA(form = ~ 1|yr, p=2))}

try_fxn1(df,"x")

eval(predvars, data, env) 错误：未找到对象 'dfz'

我知道问题出在公式的相关部分，因为当我运行不包含相关结构的相同函数（如下所示）时，函数的行为符合预期。

try_fxn2 <- function(dfz, colz){gamm(dfz[[colz]] ~ s(month, bs="cc",k=12)+ s(datediff,bs="ts",k=20), data=dfz)}

try_fxn2(df,"x")

关于如何修改 try_fxn1 以使函数按预期运行有任何想法吗？谢谢！

Answer 1

您在构建公式时将向量与该向量的符号表示混淆了。

您不希望 dfz[[colz]] 作为公式中的响应，您希望 x 或任何您设置的 colz。你得到的是

dfz[[colz]] ~ ...

当你真正想要的是变量时 colz:

colz ~ ...

而且您不需要文字 colz，而是 colz 的计算结果。为此，您可以通过将各部分粘贴在一起来创建公式：

fml <- paste(colz, '~ s(month, bs="cc", k=12) + s(datediff,bs="ts",k=20)')

这会将 colz 变成它存储的任何内容，而不是文字 colz:

> fml
[1] "x ~ s(month, bs=\"cc\", k=12) + s(datediff,bs=\"ts\",k=20)"

然后使用formula()或as.formula()将字符串转换为公式对象。

那么最终的解决方案是：

fit_fun <- function(dfz, colz) {
    fml <- paste(colz, '~ s(month, bs="cc", k=12) + s(datediff,bs="ts",k=20)')
    fml <- formula(fml)
    gamm(fml, data = df, correlation = corARMA(form = ~ 1|yr, p=2))
}

这确实不是 corARMA() 部分的问题，除了触发公式的计算代码有些不同。这里的指导原则是总是得到一个公式，如果不是用公式编程的话，你会输入它。你永远不会（也不应该）写出像

这样的公式

gamm(df[[var]] ~ x + s(z), ....)

虽然这在某些设置中可能有效，但如果您想要使用 predict()` 它将失败得很惨，而当您必须做一些更复杂的事情时它会失败。

包含 gamm 函数相关结构的错误

Error including correlation structure in function with gamm

r

function

nlme

mgcv