DESeq2 的名称在 vegan adonis 出错后发生变化

Question

我在 deseq2 输出的命名（对比）方面遇到了这个问题，其中命名输出是不可重现的。通常比较看起来像：variable_level2_vs_level1 ("treat_b_vs_a") 但有时它会 return as variable1 ("treat1")。我也在其他网站上看到过这个问题的帖子，但我从未找到合适的解决方案（也没有找到原因）。

到目前为止，这是一个非常难以捉摸的问题，因为我无法轻易重现它。但今天我设法解决了这个问题，并提出了导致以下问题的最小可重现代码。

仅当我运行具有不正确对比度的不良素食阿多尼斯模型时才会出现此问题。也许有人可以帮助我更好地理解问题的根源

library(vegan)
library(DESeq2)

mat <- matrix(sample(1:1000), ncol=10)
var$treat <- c(rep("a",5), rep("b",5))
var$y <- c(rep("a",10))

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = var, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")
resultsNames(dds)

这给出了 treat_b_vs_a，但是如果我运行它在 adonis 模型之后再次出现：

adonis(mat~var$y)

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = var, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")
resultsNames(dds)

我得到治疗1。

因此，以某种方式触发 adonis 中的对比度错误会导致 DESeq 对对比度的处理不正确。

Answer 1

简短的回答是，当您运行 adonis 函数时，对比度选项会发生变化。您可以查看此 post 以获取有关对比度的信息。下面是重现你的错误，首先我们将默认选项存储在一个新的设置上：

library(DESeq2)
library(vegan)
default_options = options()

mat <- matrix(sample(1:1000), ncol=10)
da = data.frame(treat = c(rep("a",5), rep("b",5)),
                y= c(rep("a",10)))

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = da, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")

以上是带名字的结果。我们可以看到环境选项和默认设置是一样的，

options()$contrasts
        unordered           ordered 
"contr.treatment"      "contr.poly"

default_options$contrasts
        unordered           ordered 
"contr.treatment"      "contr.poly"

现在运行 adonis 在示例数据集上，一切正常：

data(dune)
data(dune.env)
adonis(dune ~ dune.env$Management)

        unordered           ordered 
"contr.treatment"      "contr.poly"

运行您的示例会引发错误：

adonis(mat~da$y)
options()$contrasts
[1] "contr.sum"  "contr.poly"

可以看到现在改了。而运行ning DESeq2 会给你你看到的结果。你需要改回来：

options(contrasts = c(unordered = "contr.treatment",ordered = "contr.poly"))

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = da, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")

resultsNames(dds)
[1] "Intercept"    "treat_b_vs_a"

Answer 2

我认为您遗漏了一条重要信息：在您的示例中，adonis 失败：

> adonis(mat ~ da$y)
Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
  contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

您的 y 是常量（只有一个值），无法使用。的确，在 vegan 2.5-x 中我们确实设置了对比度（这是一个用户选项），但我们稍后会重置它们。但是，如果 adonis 由于输入无效而失败，则不会发生此重置。

这可以修复，这样我们即使在失败时也能重置对比度，但未来的版本不会设置对比度，因此我不打算只解决这个问题。

DESeq2 的名称在 vegan adonis 出错后发生变化

names of DESeq2 change after error with vegan adonis

r

contrast

vegan