mha 脑肿瘤文件中的图像数据

Question

我有一个 MHA 文件，当我写入时

from medpy.io import load
image_data, image_header = load("HG/0001/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")
print(image_data.shape)

我得到一个元组 (160, 216, 176)。这些维度代表什么（供参考，这些是 BRATS 2013 的脑肿瘤图像）？感谢您的帮助。

编辑：我在 Jupyter 上让滑块工作

import matplotlib.pyplot as plt
from ipywidgets import interact
import numpy as np
%matplotlib inline

@interact(x=(0, image_data.shape[2]))
def update(x):
    plt.imshow(np.flip(image_data[x].T, 0))

但当然您的代码可能适用于其他编辑器

Answer 1

根据 documentation，加载（图像）“加载图像和 returns 具有图像像素内容的 ndarray 以及 header object."

在 medpy.io.load 的更下方，它说 image_data 是“图像数据作为 numpy 数组，顺序为 x、y、z、c”。

编辑：因为我有点想知道这个文件中到底有什么，所以我整理了一个快速脚本（主要基于 slider demo）来看一看。我会把它留在这里，以防它对某人有用。（点击“图层”滑块select要绘制的z-coordinate。）

from medpy.io import load

image_data, image_header = load("/tmp/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.widgets import Slider, Button, RadioButtons

fig, ax = plt.subplots()
plt.subplots_adjust(bottom=0.25)

axlayer = plt.axes([0.25, 0.1, 0.65, 0.03])
slider_layer = Slider(axlayer, 'Layer', 1, image_data.shape[2], valinit=1, valstep=1)

def update(val):
  layer = slider_layer.val
  ax.imshow(image_data[:,:,layer])
  fig.canvas.draw_idle()

slider_layer.on_changed(update)

ax.imshow(image_data[:,:,0])

plt.show()

（这间接证实了 image_data 拥有 3-D 体素图像。）

Answer 2

只是为了在接受的答案之上添加，我们也可以用 subplots 和 animation 可视化切片：

from medpy.io import load
image_data, image_header = load("VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")
image_data = image_data / image_data.max()

plt.figure(figsize=(20,32))
plt.gray()
plt.subplots_adjust(0,0,1,0.95,0.01,0.01)
for i in range(ct.shape[0]):
    plt.subplot(16,10,i+1), plt.imshow(image_data[i]), plt.axis('off')
plt.suptitle('Brain-Tumor CT-scan mha (raw) files', size=15)
plt.show()

mha 脑肿瘤文件中的图像数据

Image data in mha brain tumor file

python

image-processing

medical

medical-imaging