snakemake 规则不会运行完整的命令

Question

我正在开发这个 snakemake 管道，其中最后一条规则如下所示：

rule RunCodeml:
input:
                '{ProjectFolder}/{Fastas}/codeml.ctl'
        output:
                '{ProjectFolder}/{Fastas}/codeml.out'
        shell:
                'codeml {input}'

此规则不运行并且错误似乎是程序 codeml 找不到 .ctl 文件，因为它查找不完整的路径：'/work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_536/co' 虽然命令似乎是正确的：

shell:
        codeml /work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_536/codeml.ctl
        (one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)'

这里是运行 -p 选项的输出：

error when opening file /work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_1083/co
tell me the full path-name of the file? Can't find the file.  I give up.

我觉得这种行为很奇怪，我不明白这是怎么回事。任何帮助，将不胜感激。谢谢！ D.

Answer 1

好的，所以问题不是 snakemake，而是我正在调用的程序 (codeml)，它在作为控制文件路径给出的字符串的长度上受到限制。

snakemake 规则不会 运行 完整的命令

snakemake rule won't run the complete command

snakemake

snakemake 规则不会运行完整的命令