从标记图像中提取 yxz 像素坐标

Question

我对图像分析比较陌生，我需要提取图像中构成多个对象的像素的 xy 和 z 坐标。该图像实际上是一个堆栈，其中所有感兴趣的对象都已被分割并由标签（整数）区分。

我在寻找一种智能且不太昂贵的方法来提取一个对象的所有坐标并将它们保存在三个不同的 x、y 和 z 列表中以计算进一步的计算时遇到了一些问题（理想情况下，我是计划为每个对象拟合一个椭圆体）...并为每个对象迭代整个过程。这是我的堆栈的一部分的示例。

我主要研究了 numpy 和 skimage，还有一点 scipy（find_object() 函数），但老实说我很迷茫。您知道我如何使用 python 库以有效的方式做到这一点吗？谢谢！

卢克雷

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Answer 1

您可以使用 skimage.measure.regionprops。尽管文档说 .coords 是 2D，但它实际上适用于 3D 数据。所以你会做这样的事情：

props_list = regionprops(segmentation)

for props in props_list:
    print(f'the label is {props.label}')
    print(f'the coordinates are {props.coords}')

从标记图像中提取 yxz 像素坐标

Extract yxz pixels coordinates from a labelled image

python

numpy

scipy

scikit-image

numpy-ndarray