如何从 R 中的外部函数创建稀疏矩阵？

Question

在我的代码中，外部函数输出一个矩阵。是否可以使输出稀疏矩阵？我可以将这个输出矩阵转换为稀疏矩阵，但我想做一些类似 outer(......, sparse=T) 的事情，而不是先有密集矩阵然后再转换。因为我有非常大的数据。我的代码和简短的示例向量如下。我已经阅读了所有相关帖子，但无法理解。

# myvec is a vector of length 100. 
# mycol is a column vector of length 10.

myvec <- c( 0, 1, 1, 2, 1, 2, 2, 3, 1, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1, 3, 2, 2, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1, 3, 2, 2, 1, 0,1, 
          2, 2, 3, 1, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1,0, 1, 1, 2, 1, 2, 2, 3, 1, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1, 3, 2, 2, 1, 0, 1, 2,
          1, 0, 2, 1, 2, 1, 3, 2, 2, 1, 0,1, 2, 2, 3, 1, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1,0, 1, 1, 2, 1, 2, 2, 3)


mycol <- c(-15.07,-7.64, -15.48, -18.59, -12.35, -10.44, -11.45, -18.49, -15.24, -13.23)   
 
res <- outer(1:length(mycol), 1:length(mycol), function(i,j) {
               ifelse(myvec > 1, 0, 
                 ifelse(myvec == 1, (mycol[j]-mycol[i])/(1-exp(-(mycol[j]-mycol[i]))), 
                   ifelse(myvec ==0, 1, myvec)))})

我还尝试使用行、列、值三元组从头开始创建稀疏矩阵，我的代码如下。但是因为条目 (resvec) 长度为 100，所以创建了稀疏矩阵，但仅使用对角线条目的前 10 个，其余非对角线元素为零。但我想将所有 100 个条目写入它们的位置。

非常感谢。

resvec<- as.vector(res)

matSparse <- sparseMatrix(
  i = 1:length(mycol), 
  j = 1:length(mycol), 
  x = resvec,
  dims = c(length(mycol),length(mycol)), 
  dimnames = list(rownames,colnames)
)

ps: 行名和列名相同

Answer 1

类似这样，我只是重做 outer 所做的，但只是针对产生非零结果的 myvec 值。您可以稍微简化函数 f，也许也可以将其作为 myvec 的函数。

f <- function(i,j) {
  ifelse(myvec > 1, 0, 
    ifelse(myvec == 1, (mycol[j]-mycol[i])/(1-exp(-(mycol[j]-mycol[i]))), 
      ifelse(myvec ==0, 1, myvec)))}

library(Matrix)
i <- rep(1:length(mycol), times = length(mycol))[myvec < 2]
j <- rep(1:length(mycol), each = length(mycol))[myvec < 2]
myvec <- myvec[myvec < 2]
sparseMatrix(i, j, x = f(i, j))
#> 10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>                                                                                                                 
#>  [1,] 1.000000000  7.434410 1.000000000 .          2.9118151 4.675609 .          1.0000000 0.91740717 .         
#>  [2,] 0.004409999  1.000000 0.003087581 .          1.0000000 .        0.08629586 .         .          0.02095708
#>  [3,] 1.218969243  .        .           0.14518433 .         .        .          0.1560604 .          1.00000000
#>  [4,] .           10.950192 3.255184331 1.00000000 6.2521909 .        .          .         .          5.38531586
#>  [5,] 0.191815105  .        1.000000000 0.01219087 .         2.241996 .          0.0132598 0.17006693 0.62371549
#>  [6,] .            2.981293 .           .          0.3319956 .        0.57859728 .         .          .         
#>  [7,] .            .        0.072926774 .          1.0000000 1.588597 1.00000000 .         0.08761709 0.36106528
#>  [8,] .            .        .           .          6.1532598 1.000000 7.04617334 .         1.00000000 .         
#>  [9,] 1.087407174  .        0.884795398 0.12180607 3.0600669 .        .          0.1310995 .          .         
#> [10,] .            5.610957 .           .          .         2.972579 2.14106528 1.0000000 0.31098581 .

如何从 R 中的外部函数创建稀疏矩阵？

How can create a sparse matrix out of outer function in R?

r

matrix

sparse-matrix

outer-join