argparse 处理 bash 命令中的字符串和空格

Question

我有一个 bash 作业，我想运行在 HPC 集群上。在我的 bash 脚本中，我使用的是作业数组，因此我不会为每个要提交的作业编写单独的脚本。为了提高效率，我将我要执行的所有命令（数组中每个作业的 1 个命令）存储在 .txt 文件中，如下所示：

python mybashtest.py --fname 'Sofia' --lname 'Ghnam'
python mybashtest.py --fname 'Loulou' --lname 'Ghnam'
python mybashtest.py --fname 'Leen' --lname 'hkg02'
python mybashtest.py --fname 'Leen Khaled' --lname 'Gh'

我正在使用 python 的 argparse 来解析参数。这是我的 python 脚本：

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description='My script')
parser.add_argument('--fname', type=str, default='')
parser.add_argument('--lname', type=str, default='')

parsed_args = parser.parse_args()

if __name__ == '__main__':
    print(parsed_args.fname + " " + parsed_args.lname)

这是我为了运行作业数组而使用的 shell 脚本：

#!/usr/bin/env bash

#SBATCH --job-name=all_jobs
#SBATCH --account=hkg02
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-3

module load python/3
# Print the task id.
echo "My SLURM_ARRAY_TASK_ID: " $SLURM_ARRAY_TASK_ID
# here the head -n $SLURM_ARRAY_TASK_ID reads the first n lines 
# from the txt file of job command, the # tail -n 1 takes the last line of those.
# A simple trick to associate the Job array number 
# with the appropriate line number in the txt file of command
srun $(head -n $SLURM_ARRAY_TASK_ID jobstest.txt | tail -n 1)

我有以下 2 个问题：

我的程序输出如下（以第一份工作为例）
```
My SLURM_ARRAY_TASK_ID:  1
'Sofia' 'Ghnam'
```
我不希望 '' 成为打印输出的一部分。我不确定他们为什么会出现；通常我在 '' 中传递任何字符串，因为字符串可能有空格。什么时候发生这种情况，请参阅第二个项目符号：
在最后的作业中，我传递的字符串在 --fname 'Leen Khaled' 之间有间隔，我有以下错误

My SLURM_ARRAY_TASK_ID: 4 usage: mybashtest.py [-h] [--fname FNAME] [--lname LNAME] mybashtest.py: error: unrecognized arguments: Khaled' srun: error: onode08: task 0: Exited with exit code 2 3. List item

Answer 1

经过几天的努力解决这个问题，以下是我所做的：

为了解决问题 1，bash 接受字符串 没有空格 原样，因此不需要将它们包含在双引号 "" 或单引号 ''
为了解决问题 2，事实证明 bash 接受带空格的字符串，我们必须将这些字符串初始化为变量，然后适当地使用它们，如下所示：

#!/usr/bin/env bash

#SBATCH --job-name=all_jobs
#SBATCH --account=hkg02
#SBATCH --nodes=1

var1="Leen Khaled"
module load python/3
python mybashtest.py --fname "${var1}" --lname Gh

这将输出：

Leen Khaled Gh

argparse 处理 bash 命令中的字符串和空格

argparse dealing with strings and spaces in bash commands

python

string

bash

argparse