ggplot2/ggsurvplot：`element_text()` 的向量化输入未得到官方支持

Question

我正在尝试使用 survminer 和 survival 包绘制相应分析的生存曲线。在 ggsurvplot 命令中设置 risk.table = TRUE 会导致警告说 'Vectorized input to element_text() is not officially supported. Results may be unexpected or may change in future versions of ggplot2.'

我也试过这个问题是否出现在其他数据上。这是一个简单的代表我运行在 R 版本 4.0.3，Rstudio 版本 1.2.5033:

library('survival')
library('survminer')
library('ggplot2')

lung <- survival::lung
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = TRUE)

如果 risk.table = FALSE 则不会出现警告，这就是为什么我假设 risktables 参数以某种方式干扰了 ggplot2 x 轴格式。在 github 关于 ggplot2 的未来是否应该支持向量化输入 element_text() 的讨论中，开发人员似乎宁愿选择弃用周期 https://github.com/tidyverse/ggplot2/issues/3492.

我想知道目前是否有某种方法可以解决这个问题，因为我想在未来经常使用 ggsurvplot 及其风险表功能。使用 ggplot2 创建的其他绘图似乎也会出现此问题（请参阅上面的 github 讨论）。但是，在 reprex 中，它似乎与 ggsurvplot 的固有参数有关，这对我来说似乎对于将来使用此功能至关重要。任何支持意见将不胜感激。

Answer 1

这里有一个变通方法，可以从 risk.table 特征获取信息并将其（以及更多信息）显示在生存图旁边。我想在作者解决问题之前，这是我们目前能做的最好的事情。

library('survival')
library('survminer')
library('ggplot2')
library('kableExtra')


# Specify dataset
lung <- survival::lung
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)


# -----------Scenario 1: KM-plot and risk.table without writing a function

kmplot <- ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = FALSE)
risktable <- kmplot$data.survtable


# Using R Markdown: Setting results='asis' in the corresponding chunk header - knit to html
## Output KM-plot
kmplot

## Output risktable
print (
  kable(risktable, caption = paste("Survival stratified by sex")) %>%
    column_spec(1, bold = T) %>%
    kable_styling(bootstrap_options = "hover", full_width = TRUE))



# -----------Scenario 2: Using a function
fun_surv <- function (x) {
kmplot <- ggsurvplot(x, data = lung, risk.table = FALSE)
risktable <- kmplot$data.survtable
list_surv <- list(kmplot, risktable)
list_surv
}

res_surv <- fun_surv(fit)


# Using R Markdown: Setting results='asis' in the corresponding chunk header - knit to html
## Output KM-plot
res_surv[[1]]

## Output risktable
print (
  kable(res_surv [[2]], caption = paste("Survival stratified by sex")) %>%
    column_spec(1, bold = T) %>%
    kable_styling(bootstrap_options = "hover", full_width = TRUE))

ggplot2/ggsurvplot：`element_text()` 的向量化输入未得到官方支持

ggplot2/ggsurvplot: Vectorized input to `element_text()` is not officially supported

r

ggplot2

survival-analysis

survminer