自定义气泡图

Question

我正在尝试绘制气泡图。我的数据是：

Year<-rep(2001:2005, each = 5)
name<-c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa")
Name<-c(rep(name,5))
Value<-sample(seq(0,25,by=1),25)
mydata<-data.frame(Year,Name,Value)

到目前为止，我已经到了这一点：

ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = Value)) +
  geom_point() +
  theme(axis.line = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=11,margin=margin(b=10),colour="black"),
        axis.text.y=element_text(size=13,margin=margin(l=10),colour="black",
                                 face="italic"),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title=element_text(size=18,face="bold"),
        panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(size=14),
        legend.title = element_text(size=18))

我需要做很多修改，但我不明白该怎么做（我对 ggplot2 不是很熟悉）。首先，我想使用 viridis 比例，但 scale_color_viridis 和 scale_fill_viridis 都不起作用（我也尝试设置 discrete=T 参数）。

其次，我想避免绘制 0 值（即，在绘制 0 值的地方有一个空白 space），但既不使用 na.omit（例如 ggplot(na.omit(mydata), aes(x=Year, y=Name, size = Value)) 或 ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = na.omit(Value)))) 或从 Value 对象工作中删除 0。

第三，我希望图例是一个连续的比例：Value 的标绘值在 1 到 25 的范围内（因为我想删除零）但默认图例是离散的，有 5 点中断。

我希望情节看起来或多或少像这样（气泡大小取决于 Value 的值）：

有什么建议吗？很抱歉有很多问题，但我在理解 ggplot 的工作原理方面遇到了一些真正的困难。谢谢！

Answer 1

这是你要找的吗？

library(ggplot2)

Year<-rep(2001:2005, each = 5)
name<-c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa")
Name<-c(rep(name,5))
Value<-sample(seq(0,25,by=1),25)
Value <- ifelse(Value == 0, NA, Value)
mydata<-data.frame(Year,Name,Value)

ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = Value, colour = Value)) +
  geom_point() +
  scale_colour_viridis_c() +
  scale_size(guide = F) +
  theme(axis.line = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=11,margin=margin(b=10),colour="black"),
        axis.text.y=element_text(size=13,margin=margin(l=10),colour="black",
                                 face="italic"),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title=element_text(size=18,face="bold"),
        panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(size=14),
        legend.title = element_text(size=18))
#> Warning: Removed 1 rows containing missing values (geom_point).

关于你的观点：据我所知，我确实只看到了 scale_colour_viridis_c 和 scale_colour_viridis_b 函数，它们在颜色上有所不同。也许我少了一些包裹？

其次，关于 NAs：您只需将 0 替换为 NAs。

最后关于色阶：色阶是自动连续的。连续描述大小有点棘手，因此它总是离散的。但是我为您将其从图例中删除，以便您只有示例中的颜色。

Answer 2

为了将数据中的变量映射到某种比例，您使用 aes() 函数将 ggplot2 调用的 'aesthetic' 耦合到表达式（通常是您的列的符号数据）。因此，要制作色标，您必须在 aes() 函数中指定 colour 美学。在下面的代码中，我还指定了一个 alpha 美学，如果 Value > 0 则为 1，否则为 0，使 0 值点完全透明。我指定 I() 让 ggplot2 知道它应该按字面意思取这个值而不是将它映射到一个比例尺。

library(ggplot2)
#> Warning: package 'ggplot2' was built under R version 4.0.3

Year<-rep(2001:2005, each = 5)
name<-c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa")
Name<-c(rep(name,5))
Value<-sample(seq(0,25,by=1),25)
mydata<-data.frame(Year,Name,Value)

g <- ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = Value)) +
  geom_point(aes(colour = Value, 
                 alpha = I(as.numeric(Value > 0))))

一旦我们指定了美学，我们就可以开始自定义比例了。典型的模式是 scale_{the aesthetic}_{type of scale}，所以如果我们想将颜色值映射到绿色尺度（*_c 用于连续尺度），我们需要添加 scale_colour_viridis_c()。在比例尺中，我们可以指定例如限制，您已经指出它应该在 1 到 25 之间。另外，我添加了一个 scale_size_area() ，我们说我们不想要点的大小的图例通过设置 `guide = "none".

g + scale_colour_viridis_c(option = "C", direction = -1,
                         limits = c(1, 25)) +
  scale_size_area(guide = "none") +
  theme(axis.line = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=11,margin=margin(b=10),colour="black"),
        axis.text.y=element_text(size=13,margin=margin(l=10),colour="black",
                                 face="italic"),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title=element_text(size=18,face="bold"),
        panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(size=14),
        legend.title = element_text(size=18))

^{由 reprex package (v1.0.0)}

于 2021-02-24 创建

Answer 3

作为思考这个问题的另一种方式...也许它会有所帮助。 :-)

library(tidyverse)

set.seed(123)

df <- tibble(
  year = rep(2001:2005, each = 5),
  name = rep(c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa"),5),
  value = sample(seq(0,25,by=1),25)
)

df %>%
  mutate(name_2 = ifelse(year>2001 & year<2005, NA, name)) %>%
  ggplot(aes(year, value, group = name, label = name_2, color = name)) + 
  geom_line() +
  geom_point() +
  geom_text(vjust = -1) +
  scale_color_brewer(palette = "Set1") +
  theme_minimal(base_family = "serif") +
  theme(legend.position = "none") +
  xlab("")

自定义气泡图

Customised Bubble plot

r

ggplot2

bubble-chart