Snakemake：在一个规则中的每个输入文件之前插入样本名称

Question

我正在尝试为生物信息学工具 FMAP 创建规则文件。 https://github.com/jiwoongbio/FMAP

我一直在为 FMAP_table.pl 脚本创建规则。这是我目前的规则：

rule fmap_table:
    input:
        expand(str(CLASSIFY_FP/"mapping"/"{sample}_abundance.txt"), sample=Samples.keys())
    output:
        str(CLASSIFY_FP/'mapping'/'abundance_table.txt')
    shell:
        """
        perl /media/data/FMAP/FMAP_table.pl {input} > {output}
        """

我希望我的列名称只包含样本名称，而不是整个路径。这可以在这样的脚本中完成

perl FMAP_table.pl [options] [name1=]abundance1.txt [[name2=]abundance2.txt [...]] > abundance_table.txt

我的问题是如何 select 每个示例文件的示例名称、示例的路径并在两者之间添加 =。

我的样本是这样命名的SAMPLE111_S1_abundance.txt这是我想自动实现的格式：

perl /media/data/FMAP/FMAP_table.pl SAMPLE111_S1 = SAMPLE111_S1_abundance.txt SAMPLE112_S2 = SAMPLE112_S2.abundance.txt [etc.] > abundance.txt"

谢谢

Answer 1

我可能会添加一个参数来构建它，也可能会在外部构建字典中的文件名：

FMAP_INPUTS = {sample: str(CLASSIFY_FP/"mapping"/"{sample}_abundance.txt")
               for sample in Samples.keys()}

rule fmap:
    input: FMAP_INPUTS.values()
    output:
        str(CLASSIFY_FP/'mapping'/'abundance_table.txt')
    params:
        names=" ".join(f"{s}={f}" for s,f in FMAP_INPUTS.items())
    shell:
        """
        perl /media/data/FMAP/FMAP_table.pl {params.names} > {output}
        """

Snakemake：在一个规则中的每个输入文件之前插入样本名称

Snakemake: inserting sample name before every input file in one rule

python

perl

snakemake