转换为二进制文件时出现 Plink 错误：.ped 文件的第 1 行的标记少于预期
Plink Error while converting to binary: Line 1 of .ped file has fewer tokens than expected
我可以得到一些帮助吗？在从 'ped'、'map' 格式转换为二进制格式 'bed'、'bim'、[=33= 时，是否有人在 plink（全基因组关联分析工具集）中遇到以下错误]？我正在使用 Linux 和 plink v1.90b3j.
Error: Line 1 of .ped file has fewer tokens than expected.
我在 python 脚本中使用这个命令来 运行 它处理几十个文件：
plink --file S205 --out S205 --make-bed
对于 32 个文件中的 2 个文件，在这种情况下，我收到此错误。该文件与所有其他文件完全一样，因为它们之前也都是使用相同的脚本完成的。所有样本的家庭、父亲、母亲 ID 和性别都相同，正如我所说，等位基因信息的写入方式与所有其他 30 个工作文件完全相同。
我注意到当我将行结束编码更改为 "Windows" 时，错误变为以下内容。其他好的文件适用于任何类型的行结尾（Unix、Win、Mac）。
Error: Line 4009 of .bim file has fewer tokens than expected.
作为示例，我将工作 *.ped (S209) 和非工作 (S204) 的第一个和最后一个 X 列留在这里。
S209 S209 0 0 1 1 C C C C T T T T ... G G G G G G
S204 S204 0 0 1 1 T T T T G G G G ... G G G G C C
谢谢！
丹尼尔
我发现了问题。由于碱基质量低，我的 'ped' 文件与 'map' 文件的基因型数量不完全相同。我的脚本跳过了那些 SNP，并且没有向 'ped' 输出任何内容。由于 'map' 文件是根据 GATK pileup 文件位置创建的，因此存在不匹配，因为所有位置都已转移到 'map' 文件。将其留在此处可能会有用，但可以将其标记为已解决。
我可以得到一些帮助吗？在从 'ped'、'map' 格式转换为二进制格式 'bed'、'bim'、[=33= 时，是否有人在 plink（全基因组关联分析工具集）中遇到以下错误]？我正在使用 Linux 和 plink v1.90b3j.
Error: Line 1 of .ped file has fewer tokens than expected.
我在 python 脚本中使用这个命令来 运行 它处理几十个文件：
plink --file S205 --out S205 --make-bed
对于 32 个文件中的 2 个文件，在这种情况下，我收到此错误。该文件与所有其他文件完全一样，因为它们之前也都是使用相同的脚本完成的。所有样本的家庭、父亲、母亲 ID 和性别都相同，正如我所说，等位基因信息的写入方式与所有其他 30 个工作文件完全相同。
我注意到当我将行结束编码更改为 "Windows" 时，错误变为以下内容。其他好的文件适用于任何类型的行结尾（Unix、Win、Mac）。
Error: Line 4009 of .bim file has fewer tokens than expected.
作为示例，我将工作 *.ped (S209) 和非工作 (S204) 的第一个和最后一个 X 列留在这里。
S209 S209 0 0 1 1 C C C C T T T T ... G G G G G G
S204 S204 0 0 1 1 T T T T G G G G ... G G G G C C
谢谢！ 丹尼尔
我发现了问题。由于碱基质量低，我的 'ped' 文件与 'map' 文件的基因型数量不完全相同。我的脚本跳过了那些 SNP，并且没有向 'ped' 输出任何内容。由于 'map' 文件是根据 GATK pileup 文件位置创建的，因此存在不匹配，因为所有位置都已转移到 'map' 文件。将其留在此处可能会有用，但可以将其标记为已解决。