NextFlow：如何在 DSL2 中使用 inputStream

Question

使用 NextFlow (DSL=2)，我想将文件的每一行用作我工作流的流输入。

nextflow.enable.dsl=2

process bar {
    input: val data
    output: val result
    exec:
    result = data.toUpperCase()
}

workflow {
    myFile = file('input_test.txt')
    myReader = myFile.newReader()
    myFile.withInputStream {
        String line
        while( line = myReader.readLine() ) {
            channel.from(line) | bar | view
        }
    }
}

我遇到了只能使用一次“bar”进程的问题： Process 'bar' has been already used -- If you need to reuse the same component include it with a different name or include in a different workflow context

我还尝试创建一个子工作流，从线路和呼叫栏获取通道。

有没有办法使用 Nextflow 将流式数据用作输入？

注意：我的最终目标不仅仅是应用大写函数。我想link数据流上的几个复杂过程。

谢谢！

Answer 1

您的示例代码看起来像一个反模式 - 它将尝试为您输入文件中的每一行创建一个新通道。相反，看看 splitting operators, especially the splitText operator:

workflow {
    Channel.fromPath('input_test.txt')
        | splitText { it.trim() } \
        | bar \
        | view()
}

如果上述方法没有帮助，请准确描述您要对输入文件中的每一行执行的操作。

NextFlow：如何在 DSL2 中使用 inputStream

NextFlow: how to use inputStream with DSL2

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