Error: Bioconductor version '3.13' requires R version '4.1' (R version 4.0.2)

Question

我发现 'similar' 个来自其他用户的问题，但 none 个答案有效。我正在尝试安装这些软件包：

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("maEndToEnd", version = "devel") 

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ArrayExpress")
----------------------------------------------------------
Error: Bioconductor version '3.13' requires R version '4.1' 

我的 R 版本是 4.0.2，我的 OS 是 Ubuntu 20.10 我想也许我可以：

a) 更改我的 R 版本（我没有找到 ubuntu R 版本 4.1）

b) 更改我的 Bioconductor 版本。出于这个原因，我执行了：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
------------------------------------------------------
Error in packageVersion("BiocManager") : 
  there is no package called ‘BiocManager’

install("BiocManager")
------------------------------
Error: Can't find 'BiocManager'
´´´

I also tried so many things that I believe I just made worse the situation by eliminating packages from other libraries:  
/usr/lib/R/site-library 
/home/usr_name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0

这是我目前拥有的包目录：

library()
------------------------------------
 Packages in library ‘/usr/lib/R/site-library’:

askpass                    
assertthat                
backports              
base64enc                 
BH                    
Metapackage
bit                       
bit64                     
bitops                    
blob                       
brew                      
callr                     
cli                       
cliapp                  
clipr                      
colorspace                
and
                 
etc...

Packages in library ‘/usr/lib/R/library’:  

base 
boot
for

class
cluster
Extended

etc ...

我该如何进行？如您所知，我是所有与信息学相关的初学者。如有任何细节，我们将不胜感激。

Answer 1

除非您确实需要特定版本的 BioConductor 包，否则无需指定 version。尝试以下 standard approach 看看是否有效：

install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
install() # Install BioConductor core packages
install("maEndToEnd")
install("ArrayExpress")

Answer 2

'R-4.1' 是当前的 R-devel 会变成什么； R-devel 通常在 linux 平台上从源代码安装，但可以方便地用作摇杆 https://hub.docker.com/r/rocker/r-devel/ and Bioconductor https://hub.docker.com/r/bioconductor/bioconductor_docker/tags（查找 'devel' 标签）docker 图片。

关于

的报道

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
------------------------------------------------------
Error in packageVersion("BiocManager") : 
  there is no package called ‘BiocManager’

看起来不完整。

会发生什么

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

？它应该（成功）安装 BiocManager，并且 packageVersion("BiocManager") 应该报告一个版本。也许这有助于开始新的会话？

值得一提的是，这里的 'version string' 报告了 'R under development' 以及版本 4.1.0

> R.version
               _
platform       x86_64-apple-darwin17.7.0
arch           x86_64
os             darwin17.7.0
system         x86_64, darwin17.7.0
status         Under development (unstable)
major          4
minor          1.0
year           2021
month          02
day            10
svn rev        79979
language       R
version.string R Under development (unstable) (2021-02-10 r79979)
nickname       Unsuffered Consequences