bcftools 视图的输出格式

Question

我正在使用 Bcftools 从 GVCF 文件中提取单个示例 VCF。

bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz

不幸的是，尽管使用了 -Oz 标志，输出的格式似乎没有经过 Bgzip 压缩。

    bcftools index output_sample.vcf.gz
the file is not BGZF compressed

有人知道为什么会这样吗？

Answer 1

你也可以试试

bgzip -c outputfile.vcf > outputfile.vcf.gz

并且不要忘记为您的文件编制索引

bcftools index outputfile.vcf.gz

Output format of bcftools view