使用 prcomp 后如何绘制第二和第三主成分

Question

如何在使用 prcomp 后绘制第二和第三主成分。

更多方差由我最感兴趣的变量的第二和第三主成分解释。

这是我用于第一个和第二个的代码。

res.pca <- prcomp(data3, scale = TRUE)
fviz_eig(res.pca)

fviz_pca_ind(res.pca,
             col.ind = "cos2", # Color by the quality of representation
             gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             repel = TRUE     # Avoid text overlapping
)

Answer 1

您可以将 axes 参数用于 select 您想要显示的维度：

library(FactoMineR)
library(factoextra)

pca <- PCA(iris[,1:4])

fviz_pca_ind(pca,
             col.ind = "cos2", # Color by the quality of representation
             gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             repel = TRUE,     # Avoid text overlapping
             axes = c(2, 3)
)

使用 prcomp 后如何绘制第二和第三主成分

How to plot the 2nd and 3rd principle component after using prcomp

r

pca

prcomp