如何根据组中特定列结果的日期范围过滤行

Question

问题

我有四列数据 (ID)，测试完成日期 (TestDT)，一列包含感兴趣测试 (Test1) 的数值结果，另一列包含不同测试的数值结果兴趣 (Test2).

ID  TestDT      Test1   Test2
1   2011-03-02  23       NA
2   2011-03-14  NA       16
2   2011-03-15  NA       52
2   2011-11-22  24       NA
2   2011-12-12  NA       77
3   2009-03-02  NA       23
3   2009-05-02  15       NA
3   2011-15-02  NA       66
4   2017-07-03  NA       22

想要的结果

我想获得每个 ID 在 3 个月时间段内（即在测试 1 之前或之后）发生的任何测试 2 的平均结果。

ID  TestDT      Test1   Test2 Av_of_test2_within_range
1   2011-03-02  23       NA    34
2   2011-11-22  24       NA    77
3   2009-05-02  15       NA    23

我在尝试筛选发生在时间范围内的 Test2 结果时遇到困难

尝试

我尝试使用 tibbletime 包中的 filter_time 如下：

library(tibbletime)
FB <- as_tbl_time(myData, index = TestDT)
FB %>% group_by(ID) %>%filter_time(TestDT ~ TestDT+84)

但出现错误：

Error: Problem with `filter()` input `..1`.
x object 'TestDT' not found
i Input `..1` is `{ ... }`.
The error occured in group 1:

Answer 1

data.table 具有 foverlaps 功能，可合并日期范围内的两个数据集。

您需要将数据拆分为 test1 和 test2，然后执行如下操作：

library(data.table)

df <- read.table(text = "ID  TestDT      Test1   Test2
1   2011-03-02  23       NA
2   2011-03-14  NA       16
2   2011-03-15  NA       52
2   2011-11-22  24       NA
2   2011-12-12  NA       77
3   2009-03-02  NA       23
3   2009-05-02  15       NA
3   2011-12-02  NA       66
4   2017-07-03  NA       22", header = TRUE)

dt <- data.table(df)
dt[, TestDT := as.Date(TestDT)]
test1 <- dt[!is.na(Test1), .(ID, TestDT, Test1)]
test2 <- dt[!is.na(Test2), .(ID, TestDT, Test2)]
test1[, start.date := TestDT - 91]
test1[, end.date := TestDT + 91]
test2[, start.date := TestDT]
test2[, end.date := TestDT]
setkey(test2, ID, start.date, end.date)

res <- foverlaps(
  test1, 
  test2, 
  by.x = c("ID", "start.date", "end.date"),
  by.y = c("ID", "start.date", "end.date")
)

如何根据组中特定列结果的日期范围过滤行

How to filter rows based on a date range from the result of a specific column in a group

merge

r

intervals