如何在 vs 代码中使用 sysargv 模块？

Question

我一直在尝试根据分子与参考分子的结构相似性来过滤分子数据库，但脚本无法正常工作，因为 od 警告 'An exception has occurred, use %tb to see the full traceback.' 我在 vs code 中使用 jupyter notebook。

问题中的行是：如果 len(sys.argv)!=5 :
sys.exit("用法: python tetheredMinimization.py reference.sdf output1.sdf outputtethered.sdf outputnontethered.sdf")

import sys 
from rdkit import Chem 
from rdkit.Chem import AllChem 
from rdkit.Chem import rdFMCS 
from rdkit.Chem.rdMolAlign import AlignMol
if len(sys.argv)!=5 :
sys.exit("usage : python tetheredMinimization.py reference.sdf output1.sdf outputtethered.sdf outputnontethered.sdf")

ratioThreshold=0.20

reference = Chem.MolFromMolFile(sys.argv[1], removeHs=True)
ligands = Chem.SDMolSupplier(sys.argv[2],removeHs=True)

w=Chem.SDWriter(sys.argv[3]) wnt=Chem.SDWriter(sys.argv[4])

Answer 1

如果您正在使用 Jupyter，您可能不想使用 sys.argv，这通常用于检索 command-line arguments。在 Jupyter 中使用，您很可能会得到用于启动 IPython 的参数，这也可能不满足 len(sys.argv) == 5。与其使用它，不如在代码中定义您的参数，并将您使用的所有地方 sys.argv 替换为正确的变量。

如何在 vs 代码中使用 sysargv 模块？

How to use sysargv module in vs code?

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