如何调用 Nextflow 脚本中创建的变量？

Question

我有一个从文本文件创建变量的 nextflow 脚本，我需要将该变量的值传递给命令行命令（这是一个 bioconda 包）。这两个过程发生在“脚本”部分。我尝试使用“$”符号调用变量但没有任何结果，我认为是因为在 nextflow 脚本的脚本部分使用该符号是为了调用输入部分中定义的变量。

为了让自己更清楚，这是我正在努力实现的代码示例：

params.gz_file = '/path/to/file.gz'
params.fa_file = '/path/to/file.fa'
params.output_dir = '/path/to/outdir'

input_file = file(params.gz_file)
fasta_file = file(params.fa_file)

process foo {
    //publishDir "${params.output_dir}", mode: 'copy',

    input:
    path file from input_file
    path fasta from fasta_file

    output:
    file ("*.html")

    script:
    """
    echo 123 > number.txt
    parameter=`cat number.txt`
    create_report $file $fasta --flanking $parameter 
    """
}

通过这样做，我收到的错误是：

Error executing process > 'foo'
Caused by:
  Unknown variable 'parameter' -- Make sure it is not misspelt and defined somewhere in the script before using it

有没有什么方法可以在脚本中调用变量 parameter 而 Nextflow 不会将其解释为输入文件？提前致谢！

Answer 1

在顶部 'params' 部分声明“参数”。

params.parameter="1234"
(..)
script:
"""
(...)
create_report $file $fasta --flanking ${params.parameter} 
(...)
"""
(...)

并使用“--参数 87678”调用“nextflow 运行”

Answer 2

script block 的文档在这里很有用：

Since Nextflow uses the same Bash syntax for variable substitutions in strings, you need to manage them carefully depending on if you want to evaluate a variable in the Nextflow context - or - in the Bash environment execution.

一种解决方案是通过在变量前面加上反斜杠 (\) 字符来转义您的 shell (Bash) 变量，如下例所示：

process foo {

    script:
    """
    echo 123 > number.txt
    parameter="$(cat number.txt)"
    echo "${parameter}"
    """
}

另一种解决方案是使用 shell block，其中美元 ($) 变量由您的 shell（Bash 解释器管理），而感叹号 ( !) 变量由 Nextflow 处理。例如：

process bar {

    echo true

    input:
    val greeting from 'Hello', 'Hola', 'Bonjour'

    shell:
    '''
    echo 123 > number.txt
    parameter="$(cat number.txt)"
    echo "!{greeting} parameter ${parameter}"
    '''
}

如何调用 Nextflow 脚本中创建的变量？

How to call a variable created in the script in Nextflow?

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