Zarr:提高 S3 的 xarray 写入性能

Zarr: improve xarray writing performance to S3

xarray 数据集写入 AWS S3 需要大量时间,即使实际上没有使用 compute=False.

写入数据也是如此

这是一个例子:

import fsspec
import xarray as xr

x = xr.tutorial.open_dataset("rasm")
target = fsspec.get_mapper("s3://bucket/target.zarr")
task = x.to_zarr(target, compute=False)

即使没有实际计算,to_zarr 从与 S3 存储桶位于同一区域的 EC2 中也需要 大约 6 秒

查看调试日志,似乎有相当多的重定向正在进行,因为 aiobotocore 中的默认区域设置为 us-east-2 而存储桶位于 eu-central-1.

如果我先手动将默认区域放入环境变量中

os.environ['AWS_DEFAULT_REGION'] = 'eu-central-1'

然后所需时间下降到大约 3.5 秒

所以我的问题是:

  1. 有什么方法可以将区域传递给fsspec(或s3fs)?我试过将 s3_additional_kwargs={"region":"eu-central-1"} 添加到 get_mapper 方法中,但那没有做任何事情。

  2. xarray 开始与 S3 上的 zarr 交互是否有比上述方法(使用 fsspec)更好的方法?


版本:

xarray: 0.17.0
zarr: 2.6.1
fsspec: 0.8.4

在检查他们的文档时,s3fs documentation they show region_name as a kwargs and also the fsspec issue regarding using the region

因此您可以在 get_mapper 中使用类似 client_kwargs={'region_name':'eu-central-1'} 的内容,例如:

fsspec.get_mapper("s3://bucket/target.zarr", 
                  client_kwargs={'region_name':'eu-central-1'})

此外,zarr 因庞大的数据集而广受欢迎。