如何解释 Seurat 对象中 nCount_RNA 的十进制值

Question

我的数据集很奇怪。当我创建 Seurat 对象并为其加载元数据时，nCount_RNA 中的所有值都是十进制值而不是整数。我应该如何解释这个？数据本身是否存在问题，或者我可以做些什么来解决这个问题？我问是因为稍后在我的分析中，函数似乎找不到 nCount_RNA 对象，我相信小数值是原因。

Metadata for Seurat Object

这是我用来创建这个对象的代码：

#Loading in the data ----------------------------------------------------------

filePaths = getGEOSuppFiles("GSE124395") 
tarF <- list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "*.tar", full.names = TRUE) 
untar(tarF, exdir = "./GSE124395/") 
gzipF <- list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "*.gz", full.names = TRUE) 
ldply(.data = gzipF, .fun = gunzip) 


# Creating the matrix -----------------------------------------------------------

P301_3_matrix <- read.delim(file = './GSE124395//GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv') 
P301_3_matrix <- data.frame(P301_3_matrix[,-1], row.names=P301_3_matrix[,1]) 
P301_3_matrix <- as.matrix(P301_3_matrix) #<- makes the excel file into a matrix 

P301_3_colname <- read.table(file = './GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt', header = FALSE, row.names = 1) 
P301_3_colname <- data.frame(P301_3_colname[,-1], col=P301_3_colname[,1]) 
P301_3_colname <- as.matrix(P301_3_colname) 
colnames(P301_3_matrix) <- P301_3_colname[,1] 

colnames(P301_3_matrix) <- paste(colnames(P301_3_matrix), "CryoMixed11", sep = "_") 
P301_3_pdat <- data.frame("samples" = colnames(P301_3_matrix), "treatment" = "CryoMixed") 


#Creating the Seurat object ----------------------------------------------------

sobj<- CreateSeuratObject(counts = P301_3_matrix, min.cells = 0, min.features=1, project = "Liver_Cell_Atlas")
sobj <- saveRDS(sobj,file="JoinedMatrixNoFilters.rds")

希望这不是太含糊，感谢阅读！

Answer 1

你读入的文件，不知怎么归一化了，肯定不是计数数据：

P301_3_matrix = read.delim('GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv.gz',row.names=1)

head(colSums(P301_3_matrix))
        X1         X2         X3         X4         X5         X6 
  205.2744 22457.6142  1232.4626 14193.6406 15372.4642 18808.8838

如果您阅读 details on processing，它会写道：

Based on binomial statistics, the number of observed UMIs were converted into transcript counts (Grün et al., 2014)

所以很可能你必须向作者询问计数 table 或简单地转换为整数，继续并希望没有出错。

如何解释 Seurat 对象中 nCount_RNA 的十进制值

How to interpret decimal values for nCount_RNA in Seurat Object

r

seurat