使用两种颜色为 seaborn 热图中的不同行着色,将行分成两部分
Use two colors to color different rows in seaborn heatmap split the rows into two
我有以下数据框:
fruits={'fruit':['apple1','apple2','banana1','banan2','peach1','peach2'],'1':[0,0,0,1,0,1],'2':[1,1,0,1,1,1],'3':[1,1,1,1,0,0],'4':[0,1,1,1,1,1]}
df_fruits=pd.DataFrame(data=fruits)
df_fruits=df_fruits.set_index('fruit')
>>> 1 2 3 4
fruit
apple1 0 1 1 0
apple2 0 1 1 1
banana1 0 0 1 1
banan2 1 1 1 1
peach1 0 1 0 1
peach2 1 1 0 1
我正在尝试创建某种热图,因此如果值为 1,它将获得颜色,如果值为零,将获得颜色 grey.In 除此之外,这就是问题所在,我想给出所有第一颜色为蓝色的水果和所有第二颜色为绿色的水果。
我尝试使用提到的脚本 但我在不需要的位置的单元格上出现白线,将每一行分成两部分:
N_communities = df_fruits.index.size
N_cols = df_fruits.columns.size
cmaps = ['Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens']
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10,8))
for i,((idx,row),cmap) in enumerate(zip(df_fruits.iterrows(), cmaps)):
ax.imshow(np.vstack([row.values, row.values]), aspect='equal', extent=[-0.5,N_cols-0.5,i,i+1], cmap=cmap)
for j,val in enumerate(row.values):
vmin, vmax = row.agg(['min','max'])
vmid = (vmax-vmin)/2
#if not np.isnan(val):
#ax.annotate(val, xy=(j,i+0.5), ha='center', va='center', color='black' if (val<=vmid or vmin==vmax) else 'white')
ax.set_ylim(0,N_communities)
ax.set_xticks(range(N_cols))
ax.set_xticklabels(df_fruits.columns, rotation=90, ha='center')
ax.set_yticks(0.5+np.arange(N_communities))
ax.set_yticklabels(df_fruits.index)
ax.set_ylabel('Index')
ax.hlines([2,4],color="black" ,*ax.get_xlim())
ax.invert_yaxis()
fig.tight_layout()
如您所见,看起来苹果 1 有两行,苹果 2 有两行等等,而我想每行各有一行。
我试过玩这个范围,但无法摆脱那些线。
我的最终目标 - 数据帧中的每一行在热图中都有一行,当水果以 1 结束时是蓝色的,水果以 2 结束时是绿色的(仅当值为 1) 。如果值为零,它将是灰色的。
编辑:
我已经按照建议使用了 ax.grid(False) 但仍然不好,因为线条消失了。我还发现绘图是错误的:
如您所见,行“banana2”本来应该是绿色的,但实际上是白色的。
您可以使用 sns.heatmap
的 mask
选项:
mask
: If passed, data will not be shown in cells where mask
is True
. Cells with missing values are automatically masked.
因此,要绘制蓝色的 fruit1 方块,mask
得出 fruit2 的值,反之亦然。
fruit1/fruit2 热图可以通过保存坐标轴句柄 ax
并与 ax=ax
:
重复使用来绘制在一起
import pandas as pd
import seaborn as sns
fruits = {'fruit':['apple1','apple2','banana1','banana2','peach1','peach2'],'1':[0,0,0,1,0,1],'2':[1,1,0,1,1,1],'3':[1,1,1,1,0,0],'4':[0,1,1,1,1,1]}
df_fruits = pd.DataFrame(data=fruits)
df_fruits = df_fruits.set_index('fruit')
# *** this line is needed for seaborn 0.10.1 (not needed for 0.11.1) ***
df_fruits = df_fruits.astype('float')
# common settings: linewidths for grid lines, hide colorbar, set square aspect
kwargs = dict(linewidths=1, cbar=False, square=True)
# plot initial gray squares and save heatmap handle as ax
ax = sns.heatmap(df_fruits, cmap='Greys_r', alpha=0.2, **kwargs)
# iterate ending:cmap pairs
cmaps = {'1': 'Blues_r', '2': 'Greens_r'}
for ending, cmap in cmaps.items():
# create mask for given fruit ending
mask = df_fruits.apply(
lambda x: x if x.name.endswith(ending) else 0,
result_type='broadcast',
axis=1,
).eq(0)
# plot masked heatmap on reusable ax
sns.heatmap(df_fruits, mask=mask, cmap=cmap, ax=ax, **kwargs)
我有以下数据框:
fruits={'fruit':['apple1','apple2','banana1','banan2','peach1','peach2'],'1':[0,0,0,1,0,1],'2':[1,1,0,1,1,1],'3':[1,1,1,1,0,0],'4':[0,1,1,1,1,1]}
df_fruits=pd.DataFrame(data=fruits)
df_fruits=df_fruits.set_index('fruit')
>>> 1 2 3 4
fruit
apple1 0 1 1 0
apple2 0 1 1 1
banana1 0 0 1 1
banan2 1 1 1 1
peach1 0 1 0 1
peach2 1 1 0 1
我正在尝试创建某种热图,因此如果值为 1,它将获得颜色,如果值为零,将获得颜色 grey.In 除此之外,这就是问题所在,我想给出所有第一颜色为蓝色的水果和所有第二颜色为绿色的水果。
我尝试使用提到的脚本
N_communities = df_fruits.index.size
N_cols = df_fruits.columns.size
cmaps = ['Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens','Blues','Greens']
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10,8))
for i,((idx,row),cmap) in enumerate(zip(df_fruits.iterrows(), cmaps)):
ax.imshow(np.vstack([row.values, row.values]), aspect='equal', extent=[-0.5,N_cols-0.5,i,i+1], cmap=cmap)
for j,val in enumerate(row.values):
vmin, vmax = row.agg(['min','max'])
vmid = (vmax-vmin)/2
#if not np.isnan(val):
#ax.annotate(val, xy=(j,i+0.5), ha='center', va='center', color='black' if (val<=vmid or vmin==vmax) else 'white')
ax.set_ylim(0,N_communities)
ax.set_xticks(range(N_cols))
ax.set_xticklabels(df_fruits.columns, rotation=90, ha='center')
ax.set_yticks(0.5+np.arange(N_communities))
ax.set_yticklabels(df_fruits.index)
ax.set_ylabel('Index')
ax.hlines([2,4],color="black" ,*ax.get_xlim())
ax.invert_yaxis()
fig.tight_layout()
如您所见,看起来苹果 1 有两行,苹果 2 有两行等等,而我想每行各有一行。 我试过玩这个范围,但无法摆脱那些线。
我的最终目标 - 数据帧中的每一行在热图中都有一行,当水果以 1 结束时是蓝色的,水果以 2 结束时是绿色的(仅当值为 1) 。如果值为零,它将是灰色的。
编辑:
我已经按照建议使用了 ax.grid(False) 但仍然不好,因为线条消失了。我还发现绘图是错误的:
如您所见,行“banana2”本来应该是绿色的,但实际上是白色的。
您可以使用 sns.heatmap
的 mask
选项:
mask
: If passed, data will not be shown in cells wheremask
isTrue
. Cells with missing values are automatically masked.
因此,要绘制蓝色的 fruit1 方块,mask
得出 fruit2 的值,反之亦然。
fruit1/fruit2 热图可以通过保存坐标轴句柄 ax
并与 ax=ax
:
import pandas as pd
import seaborn as sns
fruits = {'fruit':['apple1','apple2','banana1','banana2','peach1','peach2'],'1':[0,0,0,1,0,1],'2':[1,1,0,1,1,1],'3':[1,1,1,1,0,0],'4':[0,1,1,1,1,1]}
df_fruits = pd.DataFrame(data=fruits)
df_fruits = df_fruits.set_index('fruit')
# *** this line is needed for seaborn 0.10.1 (not needed for 0.11.1) ***
df_fruits = df_fruits.astype('float')
# common settings: linewidths for grid lines, hide colorbar, set square aspect
kwargs = dict(linewidths=1, cbar=False, square=True)
# plot initial gray squares and save heatmap handle as ax
ax = sns.heatmap(df_fruits, cmap='Greys_r', alpha=0.2, **kwargs)
# iterate ending:cmap pairs
cmaps = {'1': 'Blues_r', '2': 'Greens_r'}
for ending, cmap in cmaps.items():
# create mask for given fruit ending
mask = df_fruits.apply(
lambda x: x if x.name.endswith(ending) else 0,
result_type='broadcast',
axis=1,
).eq(0)
# plot masked heatmap on reusable ax
sns.heatmap(df_fruits, mask=mask, cmap=cmap, ax=ax, **kwargs)