使用 MDAnalysis 从 pdb 中提取数组中的坐标
Using MDAnalysis to extract coordinates in an array from pdb
我有一个 pdb 文件，它是一个更大系统的子集。这个 pdb 很特别，因为我有一些基于这个文件坐标系的向量。我想将这些向量和该系统的基础向量绘制到 pdb 上。最终，我想在矢量和基础矢量移动时可视化它通过一些 MD 模拟，我在其中根据随时间推移的轨迹更新矢量位置。
首先，我想阅读一个 pdb，它的坐标定义了基础向量，进一步定义了我想要可视化的其他向量。现在我在 MDAnalysis 中使用这个 class：
https://docs.mdanalysis.org/1.0.0/_modules/MDAnalysis/coordinates/PDB.html#PDBReader
molecule=mda.coordinates.PDB.PDBReader('molecule.pdb')
这有效，它读取 pdb 很好，但是 returns 使用此变量类型
coordinates.PDB.Reader
我想这并不奇怪，但我希望能够打印此变量并获得一些坐标位置和原子类型的数组。我也很想看到债券，但这不是必需的。现在当我打印时我得到
<PDBReader molecule.pdb with 1 frames of 60 atoms>
我想要看起来像
的东西
[atomtype1,x1,y1,z1]...[atomtypen,xn,yn,zn]
谢谢，
正在加载数据：Universe
要在 MDAnalysis 中获取坐标，您首先要加载一个 Universe（您通常不会直接使用坐标读取器）：
import MDAnalysis as mda
u = mda.Universe('molecule.pdb')
宇宙包含“拓扑”（原子类型、键（如果可用）等）和“轨迹”（即坐标）。
访问每原子数据：Universe.atoms
所有原子都存储在u.atoms中（它们形成一个AtomGroup）。关于原子的所有信息都可以从 AtomGroup 中获得。例如，所有位置都可以作为一个带有
的 numpy 数组
u.atoms.positions
名字是
u.atoms.names
还有更多的属性。 （同样适用于残基：u.residues或u.atoms.residues给出残基。你也可以slice/index一个AtomGroup得到一个新的AtomGroup。例如，属于前20个原子的残基u.atoms[:20].residues...AtomGroups 是使用 MDAnalysis 的关键。）
提取原子名称和位置
构建您要求的列表：
names_positions = [[at] + list(pos) for at, pos in zip(u.atoms.names, u.atoms.positions)]
例如，使用 MDAnalysisTests 包中包含的测试文件 PDB：
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysisTests.datafiles import PDB
u = mda.Universe(PDB)
names_positions = [[at] + list(pos) for at, pos in zip(u.atoms.names, u.atoms.positions)]
# show the first three entries
print(names_positions[:3])
给予
[['N', 52.017, 43.56, 31.555], ['H1', 51.188, 44.112, 31.722], ['H2', 51.551, 42.828, 31.039]]
了解更多...
要快速了解 MDAnalysis，请查看 Quickstart Guide，其中更详细地解释了其中的大部分内容。它还会告诉您如何 select 特定原子并形成新的原子组。
那你可以看看剩下的User Guide.
键有点棘手（你可以通过 u.atoms.bonds 获得它们，但如果你想使用它们，你必须了解更多关于 MDAnalysis 如何表示拓扑的信息 - 我建议你首先询问用户邮件列表，请参阅 participating in MDAnalysis，因为这是 MDAnalysis 开发人员主要回答问题的地方。）
我有一个 pdb 文件，它是一个更大系统的子集。这个 pdb 很特别，因为我有一些基于这个文件坐标系的向量。我想将这些向量和该系统的基础向量绘制到 pdb 上。最终，我想在矢量和基础矢量移动时可视化它通过一些 MD 模拟，我在其中根据随时间推移的轨迹更新矢量位置。
首先，我想阅读一个 pdb，它的坐标定义了基础向量，进一步定义了我想要可视化的其他向量。现在我在 MDAnalysis 中使用这个 class： https://docs.mdanalysis.org/1.0.0/_modules/MDAnalysis/coordinates/PDB.html#PDBReader
molecule=mda.coordinates.PDB.PDBReader('molecule.pdb')
这有效，它读取 pdb 很好，但是 returns 使用此变量类型
coordinates.PDB.Reader
我想这并不奇怪，但我希望能够打印此变量并获得一些坐标位置和原子类型的数组。我也很想看到债券，但这不是必需的。现在当我打印时我得到
<PDBReader molecule.pdb with 1 frames of 60 atoms>
我想要看起来像
的东西[atomtype1,x1,y1,z1]...[atomtypen,xn,yn,zn]
谢谢，
正在加载数据：Universe
要在 MDAnalysis 中获取坐标，您首先要加载一个 Universe（您通常不会直接使用坐标读取器）：
import MDAnalysis as mda
u = mda.Universe('molecule.pdb')
宇宙包含“拓扑”（原子类型、键（如果可用）等）和“轨迹”（即坐标）。
访问每原子数据：Universe.atoms
所有原子都存储在u.atoms中（它们形成一个AtomGroup）。关于原子的所有信息都可以从 AtomGroup 中获得。例如，所有位置都可以作为一个带有
u.atoms.positions
名字是
u.atoms.names
还有更多的属性。 （同样适用于残基：u.residues或u.atoms.residues给出残基。你也可以slice/index一个AtomGroup得到一个新的AtomGroup。例如，属于前20个原子的残基u.atoms[:20].residues...AtomGroups 是使用 MDAnalysis 的关键。）
提取原子名称和位置
构建您要求的列表：
names_positions = [[at] + list(pos) for at, pos in zip(u.atoms.names, u.atoms.positions)]
例如，使用 MDAnalysisTests 包中包含的测试文件 PDB：
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysisTests.datafiles import PDB
u = mda.Universe(PDB)
names_positions = [[at] + list(pos) for at, pos in zip(u.atoms.names, u.atoms.positions)]
# show the first three entries
print(names_positions[:3])
给予
[['N', 52.017, 43.56, 31.555], ['H1', 51.188, 44.112, 31.722], ['H2', 51.551, 42.828, 31.039]]
了解更多...
要快速了解 MDAnalysis，请查看 Quickstart Guide，其中更详细地解释了其中的大部分内容。它还会告诉您如何 select 特定原子并形成新的原子组。
那你可以看看剩下的User Guide.
键有点棘手（你可以通过 u.atoms.bonds 获得它们，但如果你想使用它们，你必须了解更多关于 MDAnalysis 如何表示拓扑的信息 - 我建议你首先询问用户邮件列表，请参阅 participating in MDAnalysis，因为这是 MDAnalysis 开发人员主要回答问题的地方。）