GWAS sommer r2 分数

Question

我正在尝试使用 r 包“sommer”中的 GWAS 函数获取 GWAS 中每个标记的 r2 值。从文档中我看到它们应该在对象 mix1$scores 中：分数一个数据框，其列数与分析的标记一样多，5 行包含 following:beta：标记 effects.score：traits.Fstat 的标记分数（-log_10p）：与测试相关的 F 统计量.R2：每个标记的 R2 值。R2s：缩放的每个标记的 R2 值

但是，在我的模型中，只列出了标记分数。

示例：

 library(sommer)
    data(DT_cpdata)
    DT <- DT_cpdata
    MP <- MP_cpdata
     #### create the variance-covariance matrix 
    A <- A.mat(GT) # additive relationship matrix# 
    #### look at the data and fit the model
    head(DT)
    mix1 <- GWAS(color~1,
                 random=~vs(id,Gu=A)
                + Rowf + Colf,
                 rcov=~units,
                data=DT,
                 M=GT, gTerm = "u:id") 
    mix1$scores

Answer 1

从 4.1.2 开始，GWAS 函数被重构为使用 C++ 代码，并且从输出中删除了一些额外的指标，如 r2。这些额外的指标将在 4.1.3 中恢复。与此同时，您可以随时返回到 4.1.1 或更早版本来获取该指标。

干杯，爱德华多

GWAS sommer r2 分数

GWAS sommer r2 scores

r

gwas