具有大数据框的 PCA 图

Question

我有一个包含以下列的大型数据框（~1400 行）：

    protein   IHD          CM         ARR         VD        CHD           CCD         VOO      
0   q9uku9  0.000000    0.039457    0.032901    0.014793    0.006614    0.006591    0.000000    
1   o75461  0.000000    0.005832    0.027698    0.000000    0.000000    0.006634    0.000000

等等

我想执行 PCA 分析并用向量绘图，但我不确定如何处理如此大的数据集。有人有什么建议吗？

Answer 1

实际上 1400 x 8 的数据帧在现代计算机上并没有那么大。您可以使用 scikit-learn 对数据集执行 PCA。比较简单：

import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.decomposition import PCA
cols = ['IHD', 'CM', 'ARR', 'VD', 'CHD', 'CCD', 'VOO']
df = pd.DataFrame(np.random.random((1400, 7)), columns = cols)
pca = PCA(n_components=2)
pca.fit(df)
print(pca.components_)
print(pca.explained_variance_)

# [[-0.38406974  0.02775874 -0.59754361 -0.55464116 -0.03878488
#   -0.41944628 0.09795539]
#  [-0.03181143 -0.52699813  0.14325425  0.02742668 -0.48571934 
#   -0.33915335 0.590795  ]]
# [0.0913989  0.08975106]

您无法绘制主要成分，因为它们存在于 7 维空间中 space。只要将组件的数量保持在三个以下，您可以做的就是绘制结果数据集：

df2 = pd.DataFrame(pca.transform(df), columns = ['first', 'second'])
df2.plot.scatter(x = 'first', y = 'second')

如您所见，我在做 PCA 时没有考虑柱蛋白。原因是 PCA 仅适用于数字列。有关处理分类列的一些提示，请参阅。

具有大数据框的 PCA 图

PCA plot with large dataframe

pca

pandas