fviz_mclust 中的轴定义

Question

我已经使用 Mclust 包来执行潜在聚类分析。可视化集群时，轴标签为 Dim1 和 Dim2。标签的含义或指示是什么？是PCA尺寸吗？这是显示聚类图的示例 - https://rpkgs.datanovia.com/factoextra/reference/fviz_mclust.html

Answer 1

是的，它是前两个主成分，标签中的百分比表示每个成分解释的方差比例。您可以像这样重新创建它：

library(mclust)
library(factoextra)
data("diabetes")
mc <- Mclust(diabetes[, -1])

fviz_mclust(mc, "classification", geom = "point")

pca = prcomp(scale(mc$data))
pca_plot = data.frame(pca$x,cluster = factor(mc$classification))
variance_explained = round(100*(pca$sdev^2)/sum((pca$sdev^2)),1) 

ggplot(pca_plot,aes(x=PC1,y=PC2,col=cluster)) + 
geom_point()+
xlab(paste("PC1 : ",variance_explained[1],"%"))+
ylab(paste("PC2 : ",variance_explained[2],"%"))

fviz_mclust 中的轴定义

Axes definition in fviz_mclust

r

cluster-analysis