如何将 corr.test 结果（仅相关或仅 P 值）合并到 table

Question

最近我想将我所有的 corr.test 结果（相关）输出到 table。

因为我有3万个基因的海量数据。

计算基因之间的相关性花了我很多时间。

如果我使用 lapply 并在 R 环境中将它们输出为列表，它将占用大量内存。

所以我想输出它们，但只是在 table 中，就像在 lapply 循环结束时将它们合并在一起一样。虽然会花费很多时间，但会节省很多内存。

不过我不太熟悉应用函数。我不知道如何合并所有（相关性或 p 值）结果。

我需要你的帮助。

这是我的示例数据和代码：

data_logg<-structure(c(6.05572382866802, 11.1380021588504, 9.3044407551291, 
7.87123980178745, 10.1452025129037, 8.93954331139168, 7.72897302870656, 
8.31753461010792, 6.91902649139208, 8.81063297295094, 22.5569750353369, 
31.520979452157, 28.3261317078564, 25.402957920785, 35.8148569235307, 
27.8723220522029, 41.0335341398849, 28.5846501726903, 21.398001509988, 
33.063696558847, 15.182913110301, 14.6438943008441, 16.1624032499377, 
13.1264245066984, 13.4072656803608, 14.7364553246895, 13.1211732101273, 
14.3003714459557, 14.918175412959, 15.7912093225492, 0.0931714621767618, 
0.0303852980725358, 0.0114778232990823, 0.0260809645231031, 0, 
0.0310539968593767, 0.019047166325137, 0.0105050244811974, 0.0264828042698263, 
0.0346757324524723, 3.46286706915552, 4.99156437489882, 5.70180521646014, 
4.0868441874337, 4.51377652615602, 5.35554484236395, 5.44397291505049, 
6.57811217176637, 5.10097757787774, 5.18489532380933, 1.12546006270081, 
1.91823256736007, 1.8500381393557, 1.4401998592, 1.14712309386819, 
1.63756861783462, 1.63809356500207, 1.99896249233356, 1.3388769544766, 
2.07437306868356, 1.5068638533804, 2.63183788279904, 3.12822707867838, 
2.44752756389731, 2.37001697139819, 2.51118444838866, 3.48267851492631, 
3.26267014874084, 1.75288566197561, 2.80059464803222, 21.3209507790769, 
22.6744418461091, 16.9622647095367, 22.2902884855603, 25.7854403101755, 
20.6976499521803, 24.1019869113154, 24.764924561036, 22.8547950562338, 
15.9953039663019), .Dim = c(10L, 8L), .Dimnames = list(NULL, 
    c("Zzef1", "Zyx", "Zyg11b", "Zyg11a", "Zxdc", "Zxdb", "Zxda", 
    "Zwint")))

Correlation_list<-lapply(colnames(data),function(ii){
  
  i<-match(ii,colnames(data))
  #  i<-ii %in% colnames(data_logg)
  tm <- corr.test(data[,i,drop=FALSE],
                  y = data[,-i], use = "pairwise", "spearman", adjust="none", 
                  alpha=0.05, ci=F, minlength=5)
  
  res<-t(tm["r"])
  colnames(res)<-paste0(ii,"_Correlaiton")
  na.omit(res)
  data_merege<-merge(res,)  ##  ? Here I don't know how to do it.
})

下一步怎么做：data_merege<-merge(res,)

Answer 1

编辑：2021-03-26 09:20:55。

对不起，我自己猜对了。我傻到用corr.test.

就可以了

这让我日夜担心。

我的回答：

tm <- corr.test(data_cor,
                y = data_cor, use = "pairwise", "spearman", adjust="none", 
                alpha=0.05, ci=F, minlength=5)
tm$r
tm$p

只需将 x 输入也更改为总数据即可。

意思是完全计算与自身的相关性

如何将 corr.test 结果（仅相关或仅 P 值）合并到 table

How to merge the corr.test result ( correlaiton only or P value only) to a table

r

correlation