以 Python 开头 - 字符串列表的汉明距离

Question

我是 Python 的新手，我正在尝试获取一对 DNA 序列之间的汉明距离。虽然我能够做到这一点，但我真的不知道如何获得超过一对 DNA 序列的汉明距离列表。我想知道是否有人可以指导我。

dna1 = 'ACCTAT'
dna2 = 'CATTGA'

def distance(strand_a, strand_b):
    if len(strand_a) == len(strand_b):
        i = 0
        n = 0
        while i < len(strand_a):
            if strand_a[i] != strand_b[i]:
                i += 1
                n += 1
            else:
                i += 1
        return(n)
    else:
        raise ValueError("The strings are not the same length")

输出：

The distance is: 5

我想知道是否有人可以帮助我知道哪种方法可能是获得三对 DNA 序列之间的汉明距离列表的最佳方法（我试图通过更改上面的代码来自己做，但我没有'找不到解决方案）。

给定这两个列表，我想得到第 1、2、3 对 DNA 序列之间的汉明距离：

dna1 = ['ACTGG','ATGCA','AACTG']
dna2 = ['ACTGA','ATGGG','ATGAC']

输出的位置：

distances = [1, 2, 4]

谢谢大家的帮助！

Answer 1

你可以试试：

import numpy as np

dna1 = ['ACTGG','ATGCA','AACTG']
dna2 = ['ACTGA','ATGGG','ATGAC']

[(np.array(list(x)) != np.array(list(y))).sum() for x, y in zip(dna1, dna2)]

它给出：

[1, 2, 4]

以 Python 开头 - 字符串列表的汉明距离

Starting with Python - Hamming distance of a list of strings

python

list

hamming-distance