Python 中的 ITK：是否为 SimpleITK？

Question

由于 Python 中的 SimpleITK，我已经开始使用 ITK 工作了一周。虽然目前我对 SimpleITK 很满意，但我注意到 Powell optimization scheme 或 OnePlusEvolutionary 等某些功能在 SimpleITK 中不可用。好像和地标注册方法一样。

所以，我想知道是否有办法在 SimpleITK 中检索 ITK（C++）中可用的所有功能，或者是否有必要执行我自己的包装？

如果没有，我稍后会学习 C++ 这样做！

谢谢！

Answer 1

还有 WrapITK，它是 ITK 的 python 包装，您可以启用它以使用 ITK 进行编译（因此，您必须自己编译它，但不需要编写变形代码至少）。请参阅 http://kitware.com/blog/home/post/888, http://www.itk.org/Wiki/ITK/Wrapping , http://www.itk.org/Wiki/ITK/Release_4/Wrapping/WrapITK_Installation.t。

但请注意，可能并非所有过滤器都被包装（http://www.itk.org/Wiki/Proposals:Increasing_WrapITK_Coverage#List_of_Unwrapped_Filters，最后一次更新是在 2009 年，所以现在情况可能更好了）。我遇到的唯一编译的 wrapITK 包是 Devide-RE https://www.youtube.com/watch?v=-b1zS536R2M (with an older version of ITK, 3.2 if I remember correctly), but maybe also Slicer and Vistrail have it (http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2009-August/031910.html)

Answer 2

你是对的。 SimpleITK 的功能有限。然而，可以使用 WrapITK 接口访问 Python 中的整个 ITK 库。这是一个旧界面，我认为已经有一段时间没有更新了。但是，仍然可以从源代码编译新版本并使用 WrapITK。

这个过程并不十分顺利。我过去曾在 Windows 机器上完成构建，然后注意到我不得不遇到的一些不太顺利的步骤。我会把它们放在这里。由于您没有提到 OS，我将继续解释 Windows 的设置。看看你能不能把它弄起来运行宁。

ITK-4.6 + Python2.7 + CMake + VS2008 专业版（均为 32 位）
VS2008 之后才能编译生成 python 绑定所必需的 GCCXML
配置CMAKE后，需要额外设置以下标志：
- ITK_WRAP_PYTHON
- ITK_WRAP_*（所有类型：float、double 等）
- ITK_BUILD_SHARED_LIBS（如果设置了第一个标志则自动设置）
在 VS2008 中，仅在 Release 模式下构建。项目资源管理器中的项目数量将超过 500 个。应该构建大约 300-350 个。
构建时，请确保您具有可访问的 Internet 连接以下载 GCCXML（在 VS2008 中开始构建后可能会下载）。验证下载时应该没有错误。如果有，可能是目录创建权限错误。
项目构建时应该没有错误
将 WrapITK.pth 文件从 ITK build/Wrapping/Generators/Python/Release 复制到 Python/Lib/site-packages
将以下内容添加到您的 Path 变量中：
- C:\ProgramLibs\ITK\build2008\lib\Release
- C:\ProgramLibs\ITK\build2008\bin\Release
- C:\ProgramLibs\ITK\build2008\lib
现在 ITK 应该可以正常工作（下面是一个测试 python 文件，您可以使用它来运行对构建进行完整性检查）。除了每次在程序中或在 Python 解释器中第一次调用 itk.Image 时，都会有十几个警告，它们需要时间来执行。这是一个已知的问题。一旦你过了这个，就很顺利了。

测试文件

import itk
pixelType = itk.UC
imageType = itk.Image[pixelType, 2]
readerType = itk.ImageFileReader[imageType]
writerType = itk.ImageFileWriter[imageType]
reader = readerType.New()
writer = writerType.New()
reader.SetFileName("<input image file location>")
writer.SetFileName("D:/Output.png")
writer.SetInput( reader.GetOutput() )
writer.Update()

Python 中的 ITK：是否为 SimpleITK？

ITK in Python: SimpleITK or not?

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