与 R 中的链接面对面绘制系统发育树

Question

我想使用 ape 包在 R 中绘制两个彼此相对的系统发育图。一棵树有40个节点，一棵树有26个节点：

library(ape)
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

cophyloplot 函数将这些与指定链接面对面绘制。

我在指定链接时遇到问题。

请注意，在我实际的 nexus 树文件中，提示标签是文本（如果需要，我不确定如何将它们更改为数字...）。

链接应该如下：

如果在tree1nexus文件中，序列的tip labels是1-40。在tree2 nexus 文件中，tip 标签是1-26。那么链接应该是：

a <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40)
b <- c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21) 
association <- cbind(a, b)

（即 tree1 中的序列 1 与 tree2 中的序列 14 链接）

所以，我用这样的东西来绘制树：

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association,length.line=4, space=28, gap=10, rotate=TRUE)

并计算距离矩阵：

dist.topo(tree1, tree2, method = "PH85")

我不太确定哪里出错了。任何帮助，将不胜感激！

Answer 1

要绘制树木，试试这个

library(ape)
set.seed(1)

# create trees
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

# modify tip labels
tree1$tip.label <- sub("t", "", tree1$tip.label, fixed = T)
tree2$tip.label <- sub("t", "", tree2$tip.label, fixed = T)

# create associations matrix 
a <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40))
b <- as.character(c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21)) 
association <- cbind(a, b)

# plot
cophyloplot(tree1, tree2, assoc = association, length.line = 4, space = 28, gap = 3)

Answer 2

cophyloplot 函数不需要提示标签索引。人们可以用他们的名字来指代分类单元。请注意，lukeA 的答案将关联中的数字存储为 character。将它们转换为与提示标签相对应的文本并绘制两棵树显示相同的结果。

association <- apply(association, 2, function(x) sub("^","t", x))

head(association)
#      a    b    
# [1,] "t1" "t14"
# [2,] "t2" "t1" 
# [3,] "t3" "t4" 
# [4,] "t4" "t1" 
# [5,] "t5" "t9" 

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association, length.line=4, space=28, gap=3)

关联在矩阵中的排列顺序无关紧要。最佳做法是使用 read.table().

从外部文件导入它们

与 R 中的链接面对面绘制系统发育树

Plot phylogenetic trees face to face with links in R

r

phylogeny