Error: package or namespace load failed for ‘gconcord’

Question

我正在尝试使用 R 包“gconcord”。我运行在配备工作负载管理器 Slurm 的 centos 服务器上运行我的代码。为了简化我的情况，我介绍一对简单的代码。

test.sh :

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --job-name='test'
#SBATCH --output=test-%A.out

/opt/ohpc/pub/apps/R/3.6.3/bin/Rscript test.R

test.R :

require(gconcord)

当我在命令行中使用sbatch test.sh时，没有发生错误。但是，当我在 R 中使用 system("sbatch test.sh") 时，出现以下错误。

Error: package or namespace load failed for ‘gconcord’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/seonghuncho/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/gconcord/libs/gconcord.so':
  libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

由于我必须运行很多shell脚本来进行我的模拟研究，所以应该使用R中的系统函数。我该如何解决这个错误？

Answer 1

我在另一个包中遇到了同样的问题并尝试了这个：

转到您的主目录

nano .bash_profile

并在导出路径之前包含以下行：

export PATH=/home/seonghuncho/.local/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/seonghuncho/.local/lib:$LD_LIBRARY_PATH

source .bash_profile

Error: package or namespace load failed for ‘gconcord’

Error: package or namespace load failed for ‘gconcord’

r

slurm

r-package