看到负 log2FC 在 RNA-seq 数据中上调

Question

我正在使用此代码，但仍然看到基因的负值正在上调。

DEGdf <- mutate(data, sig=ifelse(data$pvalue<=0.05 & data$log2FoldChange>=2 | data$pvalue>0.05 & data$log2FoldChange<2, "up", "down"))

请看附图。任何帮助将不胜感激。

enter image description here

Answer 1

每个逻辑表达式块在 () 内包装可能更好，我们不需要 tidyverse 函数内的 data$（它可能适用于未分组的数据，但是如果数据被分组，那么它会采用整列而不是组内列的值）。在复合逻辑表达式中，第二个带log2FoldChange < 2的表达式可能是log2FoldChange < -2

原因是

with(data, (pvalue > 0.05 & log2FoldChange < 2))
#[1] FALSE FALSE  TRUE  TRUE

returns 对于这两种情况为真，因此在 ifelse 中，'yes' 选项即 'up' 被选中。如果我们将其更改为 -2，它可能会起作用

library(dplyr)
data %>%
      mutate(sig = ifelse((pvalue <= 0.05 & log2FoldChange >= 2)|
          (pvalue > 0.05 & log2FoldChange < -2), "up", "down"))

-输出

# log2FoldChange      pvalue  sig
#1       -3.55780 0.000081500 down
#2       -3.40030 0.002576522 down
#3       -0.76560 0.116639300 down
#4       -1.01844 0.131739900 down

数据

data <- structure(list(log2FoldChange = c(-3.5578, -3.4003, -0.7656, 
-1.01844), pvalue = c(8.15e-05, 0.002576522, 0.1166393, 0.1317399
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))

看到负 log2FC 在 RNA-seq 数据中上调

Seeing negative log2FC are upregulating in RNA-seq data

r

rna-seq

数据