同时在for循环中使用basename和绝对路径

Question

假设我有

for i in `ls -1 /home/samples/*_1.fq.gz | sed 's/_1.fq.gz//'`
do
bbduk.sh -Xmx1g in1=$i\_1.fq.gz in2=$i\_2.fq.gz out1=/home/output/BASENAME\_clean_1.fq.gz out2=/home/output/BASENAME\_clean_2.fq.gz ref=/home/bbduk/bbmap/resources/adapters.fa ktrim=r k=23 mink=11 hdist=1 tpe tbo qtrim=r trimq=10 maq=10 
done

我正在尝试这样做，输入（in1 和 in2）是绝对路径，它与当前代码一起使用，但输出（out1 和 out2）必须是 i[=11 的基本名称=]

这是因为我需要程序将“basename_clean_1.fq.gz”和“basename_clean_2.fq.gz”输出到与文件来源不同的目录

有什么想法吗？

Answer 1

使用参数扩展来操纵名称。 ${i%_1.fq.gz} 将从 $i 中删除后缀，而 ${i##*/} 会为您提供基本名称。例如：

for i in /home/samples/*_1.fq.gz; do   
    s="${i%_1.fq.gz}"
    echo basename: "${s##*/}"
    echo fullpath: "$s"
done

同时在for循环中使用basename和绝对路径

Using basename and absolute path inside a for loop at the same time

linux

for-loop

absolute-path

basename