R：在图上叠加簇

Question

我正在使用 R 编程语言。我创建了一些数据并制作了这些数据的 KNN 图。然后我对这张图进行了聚类。现在，我想将聚类叠加到图的顶部。

这是我编的一个例子（来源：https://michael.hahsler.net/SMU/EMIS8331/material/jpclust.html）——假设我们有一个包含 3 个变量的数据集：房子的经度、房子的纬度和房子的价格（我们“缩放”所有这些变量，因为“价格”和“long/lat”的单位不同）。然后我们可以制作一个 KNN 图（使用 R 软件）：

library(dbscan)

plot_nn <- function(x, nn, ...) {
  plot(x, ...)
  for(i in 1:nrow(nn$id))
    for(j in 1:length(nn$id[i,]))
      lines(x = c(x[i,1], x[nn$id[i,j],1]), y = c(x[i,2], x[nn$id[i,j],2]))

}

Lat = round(runif(500,43,44), 4)
Long = round(runif(500,79,80), 4)
price = rnorm(500,1000000,200)
b = data.frame(Lat, Long, price)
b = scale(b)

b = as.matrix(b)
nn <- kNN(b, k = 10, sort = FALSE)
plot_nn(b, nn, col = "grey")

现在，我执行聚类算法：

x = b

JP_R <- function(x, k, kt) {
  # Step 1
  nn <- kNN(x, k, sort = FALSE)$id
  n <- nrow(nn)

  # Step 2
  labels <- 1:n

  # Step 3
  for(i in 1:n) {
    # check all neighbors of i
    for(j in nn[i,]) {
      if(j<i) next ### we already checked this edge
      if(labels[i] == labels[j]) next ### already in the same cluster
      if(i %in% nn[j,] && length(intersect(nn[i,], nn[j,]))+1L >= kt) {
        labels[labels == max(labels[i], labels[j])] <- min(labels[i], labels[j])
      }
    }
  }

  # Step 4: create contiguous labels
  as.integer(factor(labels))
}


cl <- JP_R(x, k = 10, kt = 6)

我可以画出这个聚类算法的基本图：

plot(x, col = cl)

但是有没有办法在第一张图片上显示这些集群？

是这样的吗？

谢谢

Answer 1

您可以使用其中之一

points(x, col = cl)

或

par(new = TRUE)
plot(x, col = cl)

R：在图上叠加簇

R: Superimpose Clusters on top of a Graph

r

graph

data-visualization

cluster-analysis

nodes