使用 Python 脚本将 XML 导入 Orange3

Question

我的计算机中有一个 xml 文档，看起来像这样：

<?xml version="1.0" encoding=UTF-8"?>
<IPDatas xmlns:xsi="http://www.w3.org/...>
   <datas>
      <dna>
         <profile>
            <loci>
               <locus name="one">
                  <allele order="1">10</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
               <locus name="two">
                  <allele order="1">11.1</allele>
                  <allele order="2">17</allele>
               </locus>
               <locus name="three">
                  <allele order="1">13.2</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
            </loci>
         </profile>
      </dna>
   </datas>
</IPdatas>

我想将文档导入到 Orange 中而不先将其转换到 Orange 之外，因此我可能需要使用“Python 脚本”小部件。导入后，我想把它转换成这样的table：

one_1	one_2	two_1	two_2	three_1	three_2
10	12.3	11.1	17	13.2	12.3

我对 Python 的了解不多，如有任何建议，我们将不胜感激！

Answer 1

类似于下面的内容：

import xml.etree.ElementTree as ET
import pprint


xml = '''
<IPDatas xmlns:xsi="http://www.w3.org/...">
   <datas>
      <dna>
         <profile>
            <loci>
               <locus name="one">
                  <allele order="1">10</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
               <locus name="two">
                  <allele order="1">11.1</allele>
                  <allele order="2">17</allele>
               </locus>
               <locus name="three">
                  <allele order="1">13.2</allele>
                  <allele order="2">12.3</allele>
               </locus>
            </loci>
         </profile>
      </dna>
   </datas>
</IPDatas> '''

data = {}
root = ET.fromstring(xml)
locus_lst = root.findall('.//locus')
for locus in locus_lst:
    name = locus.attrib['name']
    allele_lst = locus.findall('allele')
    for allele in allele_lst:
        final_name = f"{name}_{allele.attrib['order']}"
        value = float(allele.text)
        data[final_name] = value
pprint.pprint(data)

输出（你应该能够与 Orange 一起使用的字典）

{'one_1': 10.0,
 'one_2': 12.3,
 'three_1': 13.2,
 'three_2': 12.3,
 'two_1': 11.1,
 'two_2': 17.0}

使用 Python 脚本将 XML 导入 Orange3

Import XML into Orange3 using Python script

python

xml

orange