如何根据边缘属性为 R 中 igraph 图中的边缘分配颜色范围？

Question

我有一个大型社交网络图，我正在尝试使用个人之间的联系强度对其进行颜色编码。在 mock_table 中，个体列在 a 和 b 列中，每个连接的强度在列 c 中给出。

我成功地将这些强度值正确分配给 edge.width 函数，但是，当我尝试将其应用于 edge.color 时，这些值没有正确对齐。图中的颜色确实表示 sn_color，但它们未分配给正确的边缘。最粗的边缘（最强的连接，最大的 c-value）也应该有最暗的颜色，反之亦然。

下面是我当前代码的简化版本：

mock_table <- as.data.frame(cbind(a=c("PO", "BL", "MA", "AL", "BL"), b=c("MA", "BO", "ED", "MA", "MA"), c=as.numeric(c(8,41,10,23,50))))
mock_table$c <- as.numeric(as.character(mock_table$c))

sn_graph <- graph_from_data_frame(d=mock_table, vertices = c("PO", "BL", "MA", "AL", "BO", "ED"), directed = FALSE)
sn_proximity <- (mock_table$"c")

sn_colorrange <- colorRampPalette(c("yellow", "orange", "red", "darkred"))
sn_color <- sn_colorrange(length(sn_proximity))

plot(sn_graph,
     edge.width=(1/3)*(sn_proximity),
     edge.color=sn_color
     )

谁能帮我弄清楚如何正确分配这个调色板？非常感谢！

已编辑以包含可重现的示例代码。

Answer 1

您需要准确地告诉绘图要使用哪种颜色。如果你想为每个坡道使用不同的颜色，那么你可以做类似

的事情

plot(sn_graph,
     edge.width=(1/3)*(sn_proximity),
     edge.color=sn_color[order(sn_proximity)]
)

否则可能更常见的是设置固定数量的bin然后使用cut()颜色更有意义

n_bins <- 5
sn_color <- sn_colorrange(n_bins)
plot(sn_graph,
     edge.width=(1/3)*(sn_proximity),
     edge.color=sn_color[cut(sn_proximity, breaks=n_bins )]
)

如何根据边缘属性为 R 中 igraph 图中的边缘分配颜色范围？

How can I assign a color range to edges in igraph plot in R based on edge attributes?

r

igraph