递归 SPARQL 的最大深度或最大返回行数？

Question

我正在尝试从 NCBI 的 MeSH 中获取解剖学术语的所有同义词，但似乎忽略了低（最？）级别的术语。

"NK cell"绝对是"Killer Cells, Natural"、http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D007694, which is a descendant of the MeSH "Anatomy Category" http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/U000002

的同义词

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68007694

我已经将 http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH 中的三元组加载到 AWS/EC2 的 Virtuoso 服务器中。

"NK cell" 没有出现在 mesh:U000002:

的所有子类的查询中

PREFIX mesh: <http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select ?s ?o where {
    ?s skos:altLabel ?o
    { select ?s
    where {
            { ?s rdfs:subClassOf* mesh:U000002  } .
        }
    }
}

会不会有

一些递归限制或 Virtuoso 中的最大行数限制？
MeSH 有什么特别之处吗？

"NK cell" 确实出现在仅低一级的查询中，"Cells"、http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D002477.

PREFIX mesh: <http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select ?s ?o where {
    ?s skos:altLabel ?o
    { select ?s
    where {
            { ?s rdfs:subClassOf* mesh:D002477  } .
        }
    }
}

Answer 1

我将 virtuoso.ini 的 [SPARQL] 部分中的 ResultSetMaxRows 从 10,000 增加到 100,000。

我对所有解剖同义词的查询现在大约有 35,000 行，包括 "NK cell"

我的系统中有几个 virtuoso.ini 文件。我编辑了 /opt/virtuoso-opensource/var/lib/virtuoso/db/virtuoso.ini

递归 SPARQL 的最大深度或最大返回行数？

Max depth or max returned rows from recursive SPARQL?

recursion

sparql

bioinformatics

virtuoso

mesh-ontology