在 heatmap.2 R 中使用 2 种或多种 cellnote 颜色

Question

我目前正在研究使用复杂的离散色标（大约 34 种不同颜色）的热图。有些颜色是深色的，而另一些是浅色的。我正在使用 heatmap.2() 函数的 cellnote 参数标记单元格。由于一些单元格的背景颜色很暗，当使用黑色的 cellnote 颜色时，单元格标签是看不到的。同样，当使用较浅的 cellnote 颜色时，无法看到具有浅背景色的单元格中的标签。想知道是否可以在使用“heatmap.2()”函数生成的单个热图中使用不同的 cellnote 颜色。这是情况的一个小例子：

library(gplots)
x <- cbind(c(0.5, 1.5), c(1.5, 0.5))
pal <- c("darkblue", "lightblue")
heatmap.2(
    x,
    Rowv = FALSE,
    Colv = FALSE,
    dendrogram = "none",
    key = FALSE,
    trace = "none",
    col = pal,
    breaks = seq(0, 2),
    cellnote = x,
    notecol = "black",
    notecex = 2
)

期望的输出是在左上角和右下角的单元格中有白色的单元格注释，同时在其他单元格中保留黑色的单元格注释。我预计这可能需要修改函数的 source code。但是，我一直没能想出解决办法。

Answer 1

好吧...显然您可以将矩阵传递给 notecol 参数大声笑。我认为这最初是不可能的，因为在文档中它说 'string' 但我之前没有尝试过是不好的。但是，出于某种原因，我似乎必须反转颜色字符矩阵的列才能真正获得所需的结果？这有点奇怪，但它有效：

notemat <- cbind(c("white", "black"), c("black", "white"))
heatmap.2(
    x,
    Rowv = FALSE,
    Colv = FALSE,
    dendrogram = "none",
    key = FALSE,
    trace = "none",
    col = pal,
    breaks = seq(0, 2),
    cellnote = x,
    notecol = apply(notemat, 2, rev),
    notecex = 2
)

在 heatmap.2 R 中使用 2 种或多种 cellnote 颜色

Using 2 or more cellnote colors in heatmap.2 R

r

gplots