在 Snakefile 中访问 `--configfile` 的路径

Question

使用 Snakemake，是否有任何方法可以访问使用 --configfile 标志传递给工作流的配置文件的路径？

通过在 source 中寻找 workflow 对象，我最初想到了以下最小 Snakefile

print(str(workflow.configfiles))

会打印一个包含所有配置文件的列表，但是运行 snakemake --configfile [path/to/config/file] -j 1 只会打印一个空列表（Snakemake 6.1.1）。

Answer 1

Snakemake 是 Python 的一个模块，您可以使用在常规 Python 脚本中使用的所有函数和变量。例如，此代码将打印您指定的命令行参数运行 Snakemake 脚本：

import sys

print(sys.argv)

Answer 2

基于，针对仅存在一个配置文件的情况的简单解决方案是：

import sys

args = sys.argv
config_path = args[args.index("--configfiles") + 1]
print(config_path)

Answer 3

@MSR 的回答在运行在集群上设置工作流时有一个小问题。显然，发送到集群的每个作业（规则）也会运行所有全局代码，但是，它的sys.argv中没有--configfile，这将导致错误时运行宁工作。相反，它有 --configfiles，所以我必须做的是：

if '--configfile' in sys.argv:
    i = sys.argv.index('--configfile')
elif '--configfiles' in sys.argv:
    i = sys.argv.index('--configfiles')
conf_path = sys.argv[i+1]

我不知道这是否是最佳解决方案，但它对我有用。如果 snakemake 有一个更优雅的方式来访问配置路径，那就太好了，比如 workflow.configfile.

在 Snakefile 中访问 `--configfile` 的路径

Accessing the path of the `--configfile` within Snakefile

config

snakemake